แต่ด้วยการเจริญเติบโตของชุมชนเมืองที่รุกล้ำเข้าสู่วงจรชีวิตผู้คนในท้องถิ่นแบบก้าวกระโดด นับตั้งแต่การพัฒนาด้านกายภาพเพื่อรองรับการประกอบธุรกิจแบบเชิงเดี่ยว เช่น นากุ้ง บ่อปลา ตลอดถึงปาล์มน้ำมัน ฯลฯซึ่งส่งผลกระทบต่อความหลากหลายทางชีวภาพ สภาพทางธรรมชาติขาดความสมดุล การดำเนินชีวิตของผู้คนในท้องถิ่นเปลี่ยนแปลงไป ซึ่งหากขาดการอนุรักษ์พรรณพืช โดยเฉพาะพันธุ์ไม้ประจำท้องถิ่น หรือปล่อยให้พืชพรรณหลายชนิดหมดสิ้นไป เป็นเรื่องที่น่าเสียดายอย่างยิ่ง
สวนพฤกษศาสตร์ชายแดนภาคใต้ตามพระราชเสาวนีย์ฯ จังหวัดนราธิวาส จึงได้ถือกำเนิดขึ้น โดยเมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2542 ณ พระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ จังหวัดนราธิวาส สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 ได้มีพระราชเสาวนีย์กับนายพลากร สุวรรณรัฐ องคมนตรี ในขณะดำรงตำแหน่งรองปลัดกระทรวงมหาดไทย และผู้อำนวยการศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ ด้วยมีพระราชประสงค์ที่จะให้จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีสวนพฤกษศาสตร์สำหรับรวบรวมพันธุ์ไม้ประจำถิ่น เพื่อการศึกษา การนันทนาการ และการท่องเที่ยวของประชาชน ดังเช่นที่จังหวัดเชียงใหม่
ต่อมาวันที่ 27 ตุลาคม 2542 ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) และจังหวัดนราธิวาสได้ขอพระราชทานพระบรมราชวินิจฉัยเกี่ยวกับสถานที่จัดสร้างสวนพฤกษศาสตร์ ซึ่งในเบื้องต้นเห็นว่าควรจัดสร้างณ บริเวณป่าเขาตันหยง และบริเวณป่าเขาสำนัก ท้องที่อำเภอเมืองนราธิวาส จังหวัดนราธิวาส ในวโรกาสนี้ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 มีพระราชเสาวนีย์ว่าน่าจะเป็นสถานที่เหมาะสม เพราะอยู่ไม่ไกลจากชุมชนเมืองนราธิวาส มีพันธุ์ไม้ขึ้นอยู่อย่างสมบูรณ์ รวมทั้งอยู่ใกล้เส้นทางคมนาคมสายหลัก จึงเป็นการสะดวกต่อผู้ที่สนใจ และนักท่องเที่ยวทั้งชาวไทยและชาวต่างประเทศ ที่จะมาเยี่ยมชมศึกษาหาความรู้
อย่างไรก็ตาม พระองค์ทรงรับสั่งว่าอย่าทำให้ราษฎรที่อยู่ในพื้นที่ได้รับความเดือดร้อน และหากจะมีความจำเป็นต้องใช้ที่ดินที่ราษฎรครอบครองอยู่ ควรจะจ่ายค่าชดเชยด้วยความเป็นธรรม และเป็นที่พอใจแก่ทุกฝ่าย รวมทั้งไม่ควรก่อสร้างสิ่งปลูกสร้างมากเกินไป หรือขัดกับสภาพแวดล้อม
ล่าสุด นายพลากร สุวรรณรัฐ องคมนตรี ในฐานะประธานกรรมการติดตามและขับเคลื่อนโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ ได้เดินทางไปยังสวนพฤกษศาสตร์ชายแดนภาคใต้ เพื่อเยี่ยมชมเส้นทางศึกษาธรรมชาติและติดตามการดำเนินงานโครงการฯ ที่ตั้งขึ้นตั้งแต่ปี 2544 ตามพระราชเสาวนีย์ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ในรัชกาลที่ 9 ด้วยมีพระราชประสงค์ที่จะให้จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีสวนพฤกษศาสตร์สำหรับรวบรวมพรรณไม้ประจำถิ่น บริเวณป่าสงวนแห่งชาติเขาสำนัก ตำบลกะลุวอ อำเภอเมือง จังหวัดนราธิวาส ซึ่งมีเนื้อที่รวม 1,250 ไร่ และเพื่อสนองพระราชดำริในสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ที่มีพระราชประสงค์ที่จะสืบสาน รักษา ต่อยอดงานพัฒนาตามแนวพระราชดำริ เพื่อประโยชน์สุขที่มั่นคงและยั่งยืนตลอดไป ซึ่งปัจจุบันหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้ดำเนินการสนองพระราชดำริ โดยรวบรวมพันธุ์ไม้ประจำถิ่นภาคใต้ของประเทศไทยและบริเวณคาบสมุทรมาลายูทั้งพรรณไม้บก ไม้น้ำ พรรณไม้ดอกหอม วงศ์ยาง วงศ์ขิง ข่า และวงศ์ปาล์ม รวมทั้ง จัดทำเส้นทางเดินศึกษาธรรมชาติที่มีพันธุ์ไม้นานาพรรณ มาปลูกในระบบนิเวศแบบธรรมชาติ ที่สามารถใช้ประโยชน์ทั้งการศึกษาเรียนรู้ของผู้คนและการอนุรักษ์ไว้ซึ่งพันธุ์ไม้ประจำถิ่นให้คงอยู่คู่กับพื้นที่สืบไป
ทางด้านนายไพบูรย์ เพชรแก้ว หัวหน้าสวนพฤกษศาสตร์ชายแดนภาคใต้ เปิดเผยว่าสวนพฤกษศาสตร์ชายแดนภาคใต้ฯ จังหวัดนราธิวาส เป็นหน่วยงานภาคสนามของกรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช สังกัดสำนักวิจัยการอนุรักษ์ป่าไม้และพันธุ์พืช สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 6 สาขาปัตตานี กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่า และพันธุ์พืช ตั้งอยู่ในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ มีภารกิจด้านการสำรวจ รวบรวมพันธุ์ไม้ประจำถิ่นภาคใต้ของประเทศไทยและบริเวณคาบสมุทรมลายู ทั้งพรรณไม้บกและไม้น้ำ เพื่อเป็นศูนย์อนุรักษ์พันธุกรรมพรรณพืชป่าดิบชื้น โดยเฉพาะพรรณพืชประจำถิ่นของภาคใต้ รวมทั้ง เป็นแหล่งเรียนรู้ตามธรรมชาติ เป็นสถานศึกษา วิจัย และพัฒนาการฝึกอบรมบุคลากรด้านพฤกษศาสตร์ เพื่อให้บริการความรู้ด้านวิชาการป่าไม้ แก่สถาบันการศึกษา และหน่วยงานราชการ ตลอดจนสนับสนุนกิจกรรมต่าง ๆ ของกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม
"ภารกิจที่สำคัญอีกประการของสวนพฤกษศาสตร์ฯ แห่งนี้ก็คือ ทำหน้าที่สนับสนุนการคุ้มครองพรรณพืชในป่าระดับภูมิภาค พร้อมทั้งเป็นสถานที่เพื่อเผยแพร่ความรู้ด้านธรรมชาติวิทยา โดยเฉพาะการศึกษาหาความรู้ด้านพฤกษศาสตร์แก่นักเรียน นักศึกษา เยาวชน และบุคคลทั่วไป ตลอดถึงเป็นแหล่งพักผ่อนหาความรื่นรมย์ทางธรรมชาติของชาวไทยและชาวต่างประเทศ เป็นการสร้างงานและเสริมรายได้ของราษฎรในพื้นที่จากการจำหน่ายของที่ระลึกและการให้บริการเยี่ยมชมพื้นที่ที่ไม่ทำลายธรรมชาติอีกด้วย" นายไพบูรย์ เพชรแก้ว กล่าว