สำหรับแนวทางในการป้องกันโรคผลเน่า เกษตรกรควรหมั่นตรวจผลทุเรียนในแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ ให้เกษตรกรตัดผลทุเรียนที่เป็นโรคและเก็บผลทุเรียนเน่าที่ร่วงหล่นใต้ต้นนำไปเผาทำลายนอกแปลงปลูก เพื่อลดปริมาณเชื้อสะสมในแปลง หลีกเลี่ยงการนำเครื่องมือตัดแต่งที่ใช้กับต้นที่เป็นโรคไปใช้ต่อกับต้นปกติ และควรทำความสะอาดอุปกรณ์การเกษตรเมื่อใช้กับต้นที่เป็นโรคก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ทุกครั้ง อีกทั้งโรคผลเน่าจะมีเชื้อสาเหตุโรคชนิดเดียวกับโรครากเน่าและโคนเน่า เกษตรกรควรทำการป้องกันกำจัดโรครากเน่าโคนเน่าไปพร้อมกัน เพื่อให้การป้องกันกำจัดโรคได้ผลดียิ่งขึ้น
ส่วนแปลงปลูกที่มีความเสี่ยงต่อการเกิดโรคผลเน่าสูง สืบเนื่องมาจากในแปลงมีต้นที่เป็นโรครากเน่าและโคนเน่ามาก รวมถึงมีฝนตกชุกหรือมีความชื้นในอากาศสูงในช่วงที่ทุเรียนใกล้เก็บเกี่ยวผลผลิต อาจส่งผลให้เชื้อสาเหตุโรคติดไปกับผลได้โดยยังไม่แสดงอาการของโรค ดังนั้น การเก็บเกี่ยวผลทุเรียนต้องระมัดระวังไม่ให้ผลสัมผัสกับพื้นดินโดยตรง ให้เกษตรกรปูพื้นดินด้วยวัสดุหรือกระสอบที่สะอาดเพื่อวางผลทุเรียนที่เก็บเกี่ยวแล้ว วิธีนี้จะช่วยลดโอกาสที่ผลจะสัมผัสกับพื้นดินที่มีเชื้อสาเหตุโรคได้ และให้ระมัดระวังการขนย้ายไม่ให้เกิดบาดแผลขึ้นกับผลทุเรียน
หากพบการระบาดของโรคผลเน่า ให้เกษตรกรพ่นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชเมทาแลกซิล 25% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 30-50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 30-50 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร โดยพ่นให้ทั่วทรงพุ่ม 1-2 ครั้ง ทุก 7-10 วัน และควรหยุดพ่นก่อนการเก็บเกี่ยวผลผลิตทุเรียนอย่างน้อย 15 วัน