นอกจากนี้ ตัวมอดจะยังสามารถอาศัยอยู่ภายในผลกาแฟที่แห้งคาอยู่บนต้น และผลกาแฟที่ร่วงหล่นลงพื้นดินได้ หากในเมล็ดกาแฟมีความชื้นเหมาะสม ตัวมอดจะอาศัยอยู่ภายในกาแฟกะลาได้อีกระยะหนึ่ง ซึ่งมอดยังคงทำลายเมล็ดกาแฟกะลาระหว่างการตากเมล็ดได้อีกด้วย ส่วนร่องรอยการเข้าทำลายของมอดเจาะผลกาแฟจะเห็นเป็นรูขนาดเล็กที่ปลายผลกาแฟบริเวณสะดือผล มักสังเกตได้ยาก โดยเฉพาะอย่างยิ่งหากเกษตรกรไม่ทราบ อาจไม่ทันที่จะป้องกันหรือจัดการกับมอดเจาะผลกาแฟ
แนวทางการป้องกันและแก้ไขการเข้าทำลายของมอดเจาะผลกาแฟ หลังการเก็บเกี่ยวผลผลิตกาแฟแล้ว เกษตรกรควรเก็บเกี่ยวผลผลิตกาแฟให้หมดทั้งต้น โดยไม่ให้มีผลกาแฟติดค้างอยู่บนต้นหรือร่วงหล่นตามพื้นดินใต้ต้นกาแฟ เพื่อลดการสะสมและขยายพันธุ์ของมอดเจาะผลกาแฟในแปลงปลูก หากพบการระบาดรุนแรง ให้เกษตรกรเลือกใช้สารฆ่าแมลงชนิดใดชนิดหนึ่ง คือ สารไตรอะโซฟอส 40% อีซี อัตรา 40 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารคาร์โบซัลแฟน 20% อีซี อัตรา 80 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร