สำหรับแนวทางในการป้องกันโรคราแป้ง ให้เกษตรกรกำจัดวัชพืชในแปลงปลูก และตัดแต่งทรงพุ่มต้นเงาะให้โปร่ง อากาศถ่ายเทสะดวก เพื่อเป็นการลดความชื้นในทรงพุ่ม และลดแหล่งสะสมของเชื้อสาเหตุโรค จากนั้น เกษตรกรควรหมั่นตรวจแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบโรค ให้เกษตรกรตัดแต่งและเก็บส่วนที่เป็นโรคนำไปเผาทำลายนอกแปลงปลูก เพื่อลดปริมาณเชื้อสาเหตุโรค ส่วนเครื่องมือและอุปกรณ์ทางการเกษตรเมื่อใช้ในแปลงที่มีการระบาดแล้ว เกษตรกรควรนำเครื่องมือมาทำความสะอาดด้วยการล้างและผึ่งแดดให้แห้งก่อนนำกลับไปใช้ในแปลงทุกครั้ง
กรณีพบการระบาดของโรคราแป้ง ให้เกษตรกรพ่นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชสารซัลเฟอร์ 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 30 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารไตรโฟรีน 19% อีซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารเบโนมิล 50% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 10 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร และควรหยุดพ่นสารก่อนการเก็บเกี่ยวผลผลิตอย่างน้อย 15 วัน หลีกเลี่ยงการพ่นสารในช่วงที่ดอกเงาะบานหรือเริ่มติดผลอ่อน เพื่อป้องกันผลกระทบต่อแมลงช่วยผสมเกสร สำหรับสารซัลเฟอร์ ไม่ควรพ่นในช่วงที่มีสภาพอากาศร้อนหรือมีแดดจัด เพราะอาจทำให้เกิดอาการไหม้ที่ช่อดอกและผลอ่อนได้