สำหรับในระยะเพาะต้นกล้า เกษตรกรควรหมั่นตรวจแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบหัวพันธุ์หรือต้นกล้าเริ่มแสดงอาการของโรค ให้ถอนและขุดดินบริเวณที่พบเป็นโรคนำไปเผาทำลายทิ้งนอกแปลงปลูก จากนั้นให้รดดินในหลุมและบริเวณใกล้เคียงด้วยสารป้องกันกำจัดเชื้อราคาร์บอกซิน 75% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 15 กรัม ต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารโทลโคลฟอส-เมทิล 50% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 20 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารอีไตรไดอะโซล 24% อีซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารอีไตรไดอะโซล + ควินโตซีน 6% + 24% อีซี อัตรา 30-40 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร โดยให้รดสารป้องกันกำจัดเชื้อราทุก 5 วัน อย่างน้อย 2 ครั้ง เพื่อป้องกันเชื้อราแพร่ไปยังต้นข้างเคียง
หลังการเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว เกษตรกรควรเก็บซากพืชที่เป็นโรคทั้งหมดนำไปเผาทำลายนอกแปลงปลูก เพื่อไม่ให้เป็นแหล่งสะสมของเชื้อสาเหตุโรค และก่อนการปลูกชาโยเต้ เกษตรกรควรไถพรวนพลิกดินขึ้นมาตากแดด 2-3 แดด โดยไถให้ลึกจากผิวดินมากกว่า 20 เซนติเมตรขึ้นไป และตากดินไว้ให้นานกว่า 2 สัปดาห์ เพื่อฆ่าเชื้อโรคที่อาจตกค้างในดิน และช่วยลดปริมาณเชื้อในดินลงได้มาก จากนั้น ให้ใส่ปูนขาวหรือโดโลไมท์เพื่อปรับสภาพดิน และเลือกใช้หัวพันธุ์หรือกิ่งพันธุ์ที่มีคุณภาพดีจากแหล่งปลอดโรค ส่วนการใช้วัสดุคลุมดินในระยะเพาะกล้าไม่ควรคลุมจนหนาเกินไป เพราะจะทำให้เกิดความชื้นสูงและเหมาะกับการระบาดของโรคได้