และนอกจาก "ค่าปรับ" แล้ว ยังมีบทลงโทษทาง "มาตการทางปกครอง" ที่จะให้อำนาจคณะกรรมการมาตรการทางปกครอง พิจารณา "พักใช้" หรือ "เพิกถอน" ใบอนุญาตทำการประมง ซึ่งจะส่งผลต่อผู้รับใบอนุญาตทำการประมงโดยตรงคือจะไม่สามารถทำการประมงได้ในห้วงเวลาระยะหนึ่ง หรือ ไม่สามารถทำการประมงได้อีกต่อไป และในบางกรณีส่งผลต่อการขอรับใบอนุญาตทำการประมงในปีทำการประมงถัดไปด้วย
นายอดิศร พร้อมเทพ อธิบดีกรมประมง กล่าวว่า การออกใบอนุญาตทำการประมงพาณิชย์ในรอบปีการประมง พ.ศ.2561-2562 ที่ผ่านมา ได้มีผู้ขอรับใบอนุญาตทำการประมงพาณิชย์จำนวนหนึ่งได้รับคำสั่งการปฏิเสธการออกใบอนุญาตทำการประมงอันเนื่องมาจากผู้ขอรับใบอนุญาตทำการประมงมีลักษณะต้องห้ามตามกฎหมาย ตามที่ระบุไว้ในมาตรา ๓๙ แห่งพระราชกำหนดการประมง พ.ศ.2558 และที่แก้ไขเพิ่มเติม และกฎกระทรวงการขออนุญาตและการพิจารณาอนุญาตให้ทำการประมงพาณิชย์ พ.ศ.2561 อาทิเช่น เป็นผู้เคยต้องคำพิพากษาถึงที่สุดว่ากระทำผิด เป็นผู้อยู่ระหว่างการพักใช้ใบอนุญาตทำการประมง เป็นผู้ถูกสั่งยึดสัตว์น้ำหรือถูกเพิกถอนใบอนุญาตทำการประมง และประกาศให้เรือประมงนั้นเป็นเรือประมงที่ทำการประมงโดยไม่ชอบด้วยกฎหมายยังไม่พ้นสองปี หรือเรืออยู่ระหว่างการดำเนินคดี เป็นต้น โดยที่การขอรับใบอนุญาตให้ทำการประมงพาณิชย์ ผู้ขอรับใบอนุญาตอาจไม่ใช่เจ้าของเรือประมง แต่ผู้นั้นต้องมีสิทธิในการใช้เรือจากเจ้าของเรือประมงโดยชอบด้วยกฎหมาย เช่น หนังสืออนุญาตให้ใช้เรือประมงหรือมีสัญญาเช่าโดยชัดแจ้ง ทั้งนี้เจ้าของเรือประมงยังคงไม่พ้นความรับผิดชอบตามกฎหมายในกรณีที่มีการนำเรือลำดังกล่าวไปกระทำความผิด
การพิจารณาลักษณะต้องห้ามของการขอรับใบอนุญาตทำการประมง กรมประมงจะพิจารณาคุณสมบัติของผู้ขอรับใบอนุญาต "เฉพาะห้วงเวลาที่เปิดให้มีการขอรับใบอนุญาตทำการประมงเท่านั้น" เนื่องจากมีระยะเวลากำหนดไว้โดยชัดแจ้งว่าจะต้องออกใบอนุญาตทำการประมงภายในกำหนด หากผู้ขอรับใบอนุญาตทำการประมงมีคุณสมบัติต้องห้าม กรมประมงก็จะมีคำสั่งไม่อนุญาตตามคำขอ แต่อย่างไรก็ตามผู้ที่ได้รับคำสั่งดังกล่าวมีสิทธิตามกฎหมายที่จะอุทธรณ์คำสั่งดังกล่าว และนำคดีมาฟ้องต่อศาลปกครองตามลำดับ เพื่อขอให้ศาลปกครองมีคำสั่งเพิกถอนคำสั่งที่ไม่อนุญาตดังกล่าว หากผู้ขอรับใบอนุญาตมิได้โต้แย้งตามแนวทางและระยะเวลาที่กฎหมายกำหนดไว้ ข้อโต้แย้งดังกล่าวก็จะยุติลง ไม่สามารถดำเนินการฟ้องคดีต่อไปได้ แม้นว่าคดีในส่วนของคดีอาญาจะมีผลเป็นการเปลี่ยนแปลงไปในภายหลัง ก็ไม่ทำให้คำสั่งที่ไม่อนุญาตตามคำขอดังกล่าวเสียไป หรือเป็นคำสั่งไม่ชอบด้วยกฎหมาย ดังเช่นที่ผ่านมา มีกรณีที่ผลของคดีการทำการประมงผิดกฎหมายอันเป็นเหตุของการที่อธิบดีกรมประมงออกคำสั่งปฏิเสธการออกใบอนุญาตทำการประมง โดยที่ศาลที่มีอำนาจในการพิจารณาคดีในทางอาญาได้พิจารณาแล้วว่าไม่สามารถดำเนินคดีต่อไปได้อันเนื่องมาจากบทบัญญัติของกฎหมายที่พนักงานอัยการได้ใช้เป็นเหตุแห่งการฟ้องคดีนั้นไม่มีอยู่อีกต่อไป อันเนื่องมาจากบทบัญญัติของกฎหมายดังกล่าวได้มีการยกเลิกไปในระหว่างการพิจารณาคดี ศาลก็จะมีคำสั่งจำหน่ายคดีนั้นออกจากสารบบความ เนื่องจากไม่มีกฎหมายที่จะบังคับกับคดีนั้นได้ เช่น กรณีที่หัวหน้าคณะรักษาความเรียบร้อยแห่งชาติได้มีคำสั่งที่ 8/ 2561 ลงวันที่ 24 เม.ย.2561 ให้ยกเลิกบทบัญญัติบางข้อของคำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ ที่ 10/2558 ลงวันที่ 29 เมษายน 2558 ซึ่งเป็นบทบัญญัติความผิดและ บทลงโทษตามที่โจทก์ฟ้อง กรณีจึงถือได้ว่ามีบทกฎหมายที่บัญญัติในภายหลังกำหนดให้การกระทำ นั้นไม่เป็นความผิดอีกต่อไป ศาลจึงให้จำหน่ายคดีเสียจากสารบบความ ซึ่งกรณีดังกล่าวศาลมิได้มีคำพิพากษายกฟ้องเพราะจำเลยมิได้มีการกระทำความผิดตามกฎหมาย
อธิบดีกรมประมงกล่าวท้ายที่สุดว่า กรมประมงตระหนักดีถึงความเดือดร้อน อันเนื่องมาจากการที่ชาวประมงมิได้ประกอบอาชีพการประมง และพร้อมที่จะรับฟังปัญหา และอุปสรรคต่างๆ อันเกิดจาการทำการประมงและการบังคับใช้กฎหมาย เพื่อมิให้กระทบต่อการประกอบอาชีพการประมงจนมากเกินควร แต่อย่างไรก็ตามกรมประมงขอวิงวอนให้ "ผู้ที่มีใบอนุญาตประมงพาณิชย์" ดำเนินการควบคุมกิจกรรมหรือการกระทำของ "ลูกจ้าง" ของท่านอย่าได้กระทำผิดกฎหมาย เนื่องจากสิ่งเหล่านี้เป็น "ความรับผิดชอบ" เนื่องจากท่านเป็นผู้รับผลประโยชน์ที่เกิดขึ้น และอาจได้รับผลกระทบหากเกิดปัญหาจากการกระทำของ "ลูกจ้าง" เหล่านั้น เพื่อให้การประมงไทยเป็นที่ยอมรับของนานาประเทศว่าไม่มีการทำประมงผิดกฎหมายในน่านน้ำที่ไม่ได้รับอนุญาต อันจะทำให้การประมงไทยยั่งยืนต่อไป