แนวทางในการป้องกันและกำจัดหนอนเจาะฝักมะขาม ให้เกษตรกรหมั่นสำรวจและเก็บฝักมะขามที่ถูกทำลายไปเผาทิ้งทันที จะสามารถช่วยลดการแพร่ระบาดของหนอนลงได้ หากพบการเข้าทำลายของหนอนเจาะฝักมะขาม ให้เกษตรกรพ่นด้วยสารฆ่าแมลงอีมาเมกตินเบนโซเอต 1.92% อีซี อัตรา 10 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารแลมบ์ดาไซฮาโลทริน 2.5% อีซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟิโพรนิล 5% เอสซี อัตรา 30 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร โดยพ่น 2-3 ครั้งติดต่อกัน และพ่นห่างกัน 7 วันเมื่อพบการระบาด หลีกเลี่ยงการพ่นสารฆ่าแมลงชนิดเดียวติดต่อกันหลายครั้ง เพราะจะทำให้หนอนเจาะฝักมะขามสามารถสร้างความต้านทานต่อสารฆ่าแมลงชนิดนั้นได้รวดเร็วและหลายชนิด