ดังนั้น จะเห็นได้ว่าลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง มีปริมาณน้ำต้นทุนเพียงพอต่อความต้องการ ในทุกๆด้าน เพียงแต่ไม่มีแหล่งเก็บกักในช่วงฤดูฝนเท่านั้น เนื่องจากบริเวณตอนบนของลุ่มน้ำมีความลาดชันสูง ทำให้ปริมาณน้ำหลากไหลลงท่วมพื้นที่ราบท้ายลุ่มน้ำช่วงฤดูฝน แต่พอถึงฤดูแล้งก็จะประสบปัญหาชาดแคลนน้ำ เป็นปัญหาซ้ำซากเกิดขึ้นเกือบทุกปี เพราะปริมาณท่าที่สามารถกักเก็บไว้ได้นั้นมีปริมาณน้อยเมื่อเปรียบเทียบกับปริมาณน้ำท่ารายปี ปริมาณน้ำท่าส่วนใหญ่จะไหลลงสู่แม่น้ำบางปะกงและออกสู่ทะเลในที่สุด
นอกจากนี้ยังมีปัญหาการรุกตัวของน้ำเค็มจากอ่าวไทยเข้าสู่แม่น้ำบางปะกงและแม่น้ำปราจีนบุรี เนื่องจากช่วงท้ายของแม่น้ำมีความลาดชันน้อย ทำให้น้ำเค็มรุกล้ำลึกเข้ามาในแม่น้ำมากกว่า 100กิโลเมตร โดยเฉพาะในช่วงฤดูแล้งน้ำเค็มจะรุกล้ำไปจนถึงแม่น้ำปราจีนบุรีช่วงอำเภอเมืองปราจีนบุรี และมีผลกระทบคุณภาพน้ำที่จะนำไปใช้เพื่อการเกษตรและการผลิตน้ำประปาเพื่อ อุปโภค-บริโภค
อย่างไรก็ตามต้องยอมว่า พื้นที่ลุ่มน้ำปราจีนบุรีบางปะกง เป็นพื้นที่ที่มีการเติบโตของภาคอุตสาหกรรมอย่างต่อเนื่อง มีบทบาทสำคัญต่อการพัฒนาเศรษฐกิจของประเทศ รัฐบาลได้มีการวางแผน กำหนดเป้าหมาย และทิศทางการพัฒนาอุตสาหกรรมไว้ให้สอดคล้องกับการเปลี่ยนแปลงที่จะเกิดขึ้นในอนาคต เช่น เขตการพัฒนาเศรษฐกิจพิเศษสระแก้ว เป็นต้น ดังนั้น หากไม่มีการดำเนินการใดๆ ปัญหาเรื่องน้ำของลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง จะทวีความรุนแรงเพิ่มขึ้น ซึ่งจะส่งผลกระทบในภาครวมอย่างแน่นอน ไม่ว่าจะเป็นในเรื่องคุณภาพน้ำ น้ำเพื่อการอุปโภคบริโภค น้ำเพื่อการเกษตร และน้ำเพื่อการอุตสาหกรรม ในขณะที่ปัญหาน้ำท่วมในช่วงฤดูฝนก็จะมีความรุนแรงขึ้นเช่นกัน ดังนั้น สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ (สทนช.) จึงได้ดำเนินโครงการศึกษาเพื่อการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมเชิงยุทธศาสตร์โครงการพัฒนา น้ำต้นทุน ลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง
ดร.สมเกียรติ ประจำวงษ์ เลขาธิการ สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ(สทนช.) . กล่าวว่า การดำเนินศึกษาโครงการดังกล่าว เป็นการศึกษาตามสภาพปัจจุบันของลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง เพื่อประเมินศักยภาพและข้อจำกัดของสิ่งแวดล้อมในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในพื้นที่ ที่สามารถน้ำไปสู่ความสมดุลและการพัฒนาอย่างยั่งยืนทั้งในมิติของเศรษฐกิจ สังคม และสิ่งแวดล้อม รวมถึงเปรียบเทียบทางเลือกในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในพื้นที่ลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง เพื่อให้การตัดสินใจเป็นไปอย่างรอบคอบและเกิดประโยชน์สูงสุดต่อประเทศชาติและประชาชนสอด รวมทั้งคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติ 20 ปี แผนแม่บทภายใต้ยุทธศาสตร์ชาติ แผนปฏิรูปประเทศ แผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ และแผนความมั่นคง แผนแม่บทกาบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ 20 ปี ตลอดจนแผนการพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมกลุ่มจังหวัดและจังหวัด
สำหรับการดำเนินโครงการศึกษาเพื่อการประเมินผลกระทบสิ่งแวดล้อมเชิงยุทธศาสตร์โครงการพัฒนา น้ำต้นทุน ลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง ดังกล่าว จะศึกษาครอบคลุมในทุกๆปัญหา ทั้งปัญหาอุทกภัย ปัญหาภัยแล้ง และปัญหาคุณภาพน้ำ โดยจะศึกษาถึงต้นเหตุของปัญหาว่ามาจากอะไรบ้าง เพื่อที่จะหาแนวทางแก้ไขที่มีประสิทธิภาพสูงสุด และผลกระทบน้อยที่สุด หรือผลกระทบสามารถบรรเทาแก้ไขได้ พร้อมทั้งศึกษาประเมินสิ่งแวดล้อมในระดับยุทธศาสตร์(SEA) ซึ่งจะเป็นการประเมินศักยภาพและข้อจำกัดของสิ่งแวดล้อมต่อการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำ เพื่อพัฒนาทางเลือกในการบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในที่เหมาะสมและเกิดความมั่นคงที่สุด เพื่อนำไปสู่การบริหารจัดการทรัพยากรน้ำในพื้นที่ลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง อย่างยั่งยืน
นอกจากนี้ สทนช.ยังให้ความสำคัญด้านการมีส่วนร่วมของประชาชน และการประชาสัมพันธ์ในพื้นที่ลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกง การศึกษาในครั้งนี้จะยึดหลักความโปร่งใส และความต่อเนื่องในการให้ข้อมูลข่าวสารเกี่ยวกับโครงการทั้งหมด พร้อมเปิดรับฟัง ข้อคิดเห็น ตลอดจนรับข้อเสนอจากชุมชนท้องถิ่น และเปิดโอกาสให้ชุมชนมีส่วนร่วมในการปรับปรุงลักษณะของโครงการพัฒนาแหล่งน้ำให้สอดคล้องกับความต้องการของท้องถิ่นเป็นหลัก และจะกระทำอย่างพิถีพิถัน มีการสื่อสารแบบสองทางผ่านสื่อต่างๆ
ทั้งนี้คาดว่าผลการศึกษาจะแล้วเสร็จต้นปี 2563 ซึ่งจะทำให้ได้แนวทางที่แก้ไขปัญหาลุ่มน้ำปราจีนบุรี-บางปะกงที่ดีมีประสิทธิภาพ สอดคล้องกับความต้องการในพื้นที่ มีความสมดุลในทุกๆด้าน บูรณาการทุกภาคส่วนที่เกี่ยวข้อง อันจะนำไปสู่เป็นการพัฒนาอย่างยั่งยืน ซึ่ง สทนช.จะนำแนวทางการศึกษาดังกล่าวไปขยายผลศึกษาแก้ปัญหาลุ่มน้ำต่างๆทั่วประเทศ
