เกษตรกรควรหมั่นสังเกตตรวจดูผลทุเรียนภายในสวน หากพบรอยทำลายของหนอนเจาะผลทุเรียน ให้ใช้ไม้หรือลวดแข็งเขี่ยตัวหนอนออกมาทำลายทิ้ง จากนั้น ให้ตัดแต่งผลทุเรียนที่มีจำนวนมากเกินไป โดยเฉพาะผลที่อยู่ติดกัน เกษตรกรควรใช้กิ่งไม้หรือกาบมะพร้าวคั่นระหว่างผล เพื่อป้องกันไม่ให้ตัวเต็มวัยวางไข่หรือตัวหนอนเข้าหลบอาศัย และควรเริ่มห่อผลทุเรียนตั้งแต่มีอายุ 6 สัปดาห์เป็นต้นไปด้วยถุงมุ้งไนล่อน ถุงรีเมย์ หรือถุงพลาสติกสีขาวขุ่นที่เจาะรูบริเวณขอบล่าง เพื่อให้น้ำระบายออกมาได้ ซึ่งจะช่วยลดความเสียหายของผลทุเรียนได้
หากพบการระบาดรุนแรงของหนอนเจาะผลทุเรียน ให้เกษตรกรเก็บผลทุเรียนที่เน่าและร่วงจากการเข้าทำลายของหนอน นำไปเผาไฟหรือฝังทำลายทิ้งนอกสวน จากนั้นให้พ่นด้วยสารฆ่าแมลงที่มีประสิทธิภาพ คือ สารแลมบ์ดา-ไซฮาโลทริน 5% อีซี อัตรา 20 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารคาร์โบซัลแฟน 20% อีซี อัตรา 50 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร โดยพ่นเฉพาะส่วนผลทุเรียนที่พบการทำลายของหนอนเจาะผล สำหรับในแหล่งที่มีการระบาด ให้พ่นหลังจากทุเรียนติดผลแล้ว 1 เดือน โดยพ่น 3-4 ครั้ง ทุก 20 วัน