เกษตรกรควรหมั่นตรวจและกำจัดวัชพืชในแปลงและรอบแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบต้นขิงที่เริ่มแสดงอาการของโรคเหง้าเน่า ให้ขุดต้นไปเผาทำลายนอกแปลงปลูกทันที เพื่อลดแหล่งสะสมเชื้อสาเหตุโรค จากนั้น ให้โรยด้วยปูนขาวบริเวณหลุมที่ขุด เพื่อป้องกันการระบาดของโรค และควรทำความสะอาดอุปกรณ์การเกษตรที่ใช้กับต้นที่เป็นโรคก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ สำหรับในแปลงที่มีการระบาดของโรค หลังการเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว ให้เกษตรกรเก็บส่วนต่างๆ ของพืชที่เป็นโรคนำไปเผาทำลายทิ้งนอกแปลงปลูกทันที
การป้องกันกำจัดโรคเหง้าเน่าในฤดูปลูกถัดไป เกษตรกรควรเลือกพื้นที่ในการปลูกที่ไม่เคยมีการระบาดของโรคนี้มาก่อน และควรทำแปลงปลูกให้มีการระบายน้ำที่ดี เกษตรกรควรเตรียมดิน โดยไถพรวนดินให้ลึกจากผิวดินมากกว่า 20 เซนติเมตรขึ้นไป และตากดินไว้ให้นานกว่า 2 สัปดาห์ จะสามารถช่วยลดปริมาณเชื้อในดินลงได้มาก กรณีในพื้นที่ที่เคยมีการระบาดของโรค ก่อนปลูกให้รมดินเพื่อฆ่าเชื้อโรคด้วยการโรยยูเรียผสมปูนขาว อัตรา 80:800 กิโลกรัมต่อไร่ จากนั้น ให้ไถกลบและรดน้ำให้ดินมีความชื้น ทิ้งไว้ประมาณ 3 สัปดาห์ จึงเริ่มปลูกขิง อีกทั้งให้เลือกใช้หัวพันธุ์ที่มีคุณภาพดีจากแหล่งปลอดโรค หลีกเลี่ยง การปลูกพืชอาศัยของเชื้อ เช่น พืชตระกูลขิง พืชตระกูลมะเขือ มันฝรั่ง พริก และถั่วลิสง รวมถึงควรสลับเปลี่ยนไปปลูกพืชชนิดอื่นหมุนเวียน เช่น ข้าว ข้าวโพด และมันสำปะหลัง เพื่อตัดวงจรการระบาดของโรค