นอกจากนี้ กทท. ยังมีโครงการพัฒนาศูนย์การขนส่งตู้สินค้าทางรถไฟที่ ทลฉ. ซึ่งเป็นโครงการระยะยาว สนับสนุนการพัฒนาระบบโลจิสติกส์ของประเทศ ซึ่งจะเพิ่มขีดความสามารถรองรับตู้สินค้าที่ขนส่งทางรถไฟได้ถึงปีละ 2.0 ล้านทีอียู ตลอดจน กทท. ยังเพิ่มระบบรักษาความปลอดภัยด้วยระบบกล้องโทรทัศน์วงจรปิด (CCTV) ทั้งที่ ทลฉ. และ ทกท. จำนวน 72 กล้อง และจำนวน 30 กล้อง ตามลำดับ ซึ่งเป็นเทคโนโลยีใหม่และเป็นลักษณะพิเศษเฉพาะและ ทกท. ยังได้รับเลือกจากเยอรมันให้เป็นท่าเรือสาธิตในโครงการความปลอดภัย อาชีวอนามัยและสิ่งแวดล้อมของท่าเรือในภูมิภาคอาเซียนอีกด้วย
สำหรับผลการดำเนินงานให้บริการเรือ สินค้าและตู้สินค้าผ่าน ทกท. และ ทลฉ. นั้น รักษาการแทนผู้อำนวยการ กทท. กล่าวว่า
ในช่วง 8 เดือน ของปีงบประมาณ 2552 (ต.ค. 51 — พ.ค.. 52) โดยเปรียบเทียบกับช่วงเดียวกันของปีก่อน มีผลดำเนินงาน กล่าวคือ
ทกท. มีเรือผ่านท่า จำนวน 1,702 เที่ยว ลดลง 13% สินค้าผ่านท่า 9.951 ล้านตัน ลดลง 18% และตู้สินค้าผ่านท่า (รวมตู้เปล่า) จำนวน 0.841 ล้านทีอียู ลดลง 16%
ทลฉ. มีเรือผ่านท่า จำนวน 4,948 เที่ยว ลดลง 9% สินค้าผ่านท่า 30.229 ล้านตัน ลดลง 16% และตู้สินค้าผ่านท่า จำนวน 2.962 ล้านทีอียู ลดลง 15% ทั้งนี้คาดว่าปริมาณสินค้าผ่านท่าจนถึงปลายปีนี้จะมีแนวโน้มที่ดีขึ้นหากไม่มีปัจจัยอื่นๆ มากระทบ โดยเฉพาะ ทลฉ. ที่กำลังจะรับเรือตู้สินค้าที่ใหญ่ที่สุดในโลกเข้าเทียบท่าเป็นการประจำ เนื่องจากการที่มีเรือแม่ขนาดใหญ่ระดับโลกเข้าเทียบท่าเรือในประเทศไทยเป็นการแสดงให้เห็นถึงความเชื่อมั่นของผู้ประกอบการเดินเรือต่อการฟื้นฟูเศรษฐกิจประเทศไทยและศักยภาพของ ทลฉ. อันจะส่งผลดีต่อการฟื้นฟูเศรษฐกิจของประเทศ และการพัฒนา ทลฉ. ระยะ 3 ต่อไป