กรุงเทพมหานครมีพื้นที่ทางด้านฝั่งธนบุรีประมาณ 464 ตารางกิโลเมตร ปัจจุบันการป้องกันน้ำท่วมฝั่งธนบุรี ด้านทิศตะวันออกใช้แนวป้องกันน้ำท่วมริมแม่น้ำเจ้าพระยาและคลองบางกอกน้อย ด้านทิศเหนือใช้แนวป้องกันน้ำท่วมริมคลองมหาสวัสดิ์ ด้านทิศตะวันตกถนนพุทธมณฑลสาย 4 ถนนหนองแขม — บางบอนและถนนบางบอน 5 เป็นแนวป้องกันน้ำท่วม ส่วนด้านทิศใต้ใช้แนวป้องกันตามโครงการแก้มลิงคลองสนามชัย — มหาชัย ไปบรรจบกับแนวป้องกันน้ำท่วมของจังหวัดสมุทรปราการ ซึ่งดำเนินการโดยกรมโยธาธิการและผังเมือง การระบายน้ำฝนออกจากพื้นที่ใช้สถานีสูบน้ำหลักขนาดใหญ่ 4 แห่ง บริเวณริมแม่น้ำเจ้าพระยาและคลองบางกอกน้อยเพื่อควบคุมระดับน้ำภายในพื้นที่ ประกอบด้วยสถานีสูบน้ำคลองชักพระ (45 ลบ.ม./วินาที) คลองมอญ (24 ลบ.ม./วินาที) คลองบางกอกใหญ่ (54 ลบ.ม./วินาที) และคลองดาวคะนอง (45 ลบ.ม./วินาที) โดยมีปริมาตรการสูบรวม 168 ลบ.ม./วินาที ซึ่งจะครอบคลุมพื้นที่การแก้ไขปัญหาน้ำท่วมได้ประมาณ 400 ตารางกิโลเมตร พื้นที่ฝั่งธนบุรีมีคลองสาธารณะกระจายทั่วพื้นที่ และมีจำนวนมากพอที่จะสามารถพัฒนาให้เป็นแก้มลิงได้ โดยสามารถรองรับน้ำฝนคาบการเกิด 5 ปี ได้เพียงพอ ส่วนในช่วงเวลาน้ำในแม่น้ำลงก็จะใช้วิธีเปิดประตูระบายน้ำและระบายน้ำโดยวิธีไหลตามแรงโน้มถ่วงของโลก เพราะระยะทางของคลองระบายน้ำไม่ยาวเกินไป ดังนั้นการระบายน้ำออกจากพื้นที่จะสะดวกกว่าพื้นที่ฝั่งพระนคร และหากมีการพร่องน้ำในคลองได้ในระดับที่ออกแบบไว้ จะสามารถแก้ไขปัญหาน้ำท่วมในพื้นที่ได้ ยกเว้นในบางพื้นที่ที่การระบายน้ำยังไม่สมบูรณ์ก็จะเกิดปัญหาน้ำท่วมขังบนถนนบ้าง แต่ในช่วงเวลาไม่นานนัก
ส่วนการควบคุมการปิด — เปิดประตูเรือสัญจรของคลองหลักขนาดใหญ่ทั้ง 4 แห่ง จะใช้งานเมื่อระดับน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาหรือคลองบางกอกน้อยสูงเกินระดับ +0.90 ม.รทก. โดยจะทำการปิดประตูระบายน้ำ และให้เรือสัญจรผ่านช่องประตูเรือสัญจร เพื่อให้สามารถควบคุมระดับน้ำภายในได้อย่างมีประสิทธิภาพ ส่วนการควบคุมระดับน้ำภายในเพื่อเป็นแก้มลิงรองรับน้ำฝนจะควบคุมที่ระดับ +0.5 ถึง +0.7ม.รทก.