สืบเนื่องจาก ปี 2552 กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม โดย กรมทรัพยากรน้ำบาดาล ได้ประสานงานกับสมาคมโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามจังหวัดชายแดนภาคใต้ เพื่อร่วมกันวางแผนให้ความช่วยเหลือโรงเรียนที่ประสบปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภค และจัดทำโครงการสำรวจและพัฒนาแหล่งน้ำบาดาลสนับสนุนระบบน้ำดื่มสะอาดให้กับโรงเรียนทั่วประเทศ หรือ โครงการน้ำโรงเรียน ที่โรงเรียนสายบุรีอิสลามวิทยา ตำบลตะลุบัน อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี โดยการเจาะสำรวจและพัฒนาน้ำบาดาล ก่อสร้างระบบประปาบาดาล ขนาด 12 ลูกบาศก์เมตร และก่อสร้างอาคารพร้อมติดตั้งระบบผลิตน้ำดื่มตามมาตรฐานองค์การอนามัยโลกด้วยระบบ RO ขนาดผลิต 500 ลิตรต่อชั่วโมง โดย รัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ได้เป็นประธานในพิธีเปิด เมื่อวันที่ 8 มิถุนายน 2552 และกรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้จัดทำโครงการช่วยเหลือโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลามและสถาบันศึกษาปอเนาะในการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคและบริโภคอย่างต่อเนื่อง
ปัจจุบัน กรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้แก้ไขปัญหาการขาดแคลนน้ำอุปโภคบริโภคให้กับโรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม และสถาบันศึกษาปอเนาะ ในพื้นที่ 4 จังหวัดชายแดนภาคใต้ ได้แก่ ปัตตานี ยะลา นราธิวาส และสงขลา เสร็จสมบูรณ์แล้ว 20 พื้นที่ และอยู่ระหว่างดำเนินการอีก 34 พื้นที่ ซึ่งหากดำเนินการแล้วเสร็จทั้ง 54 พื้นที่ จะสามารถบรรเทาปัญหาขาดแคลนน้ำให้กับนักเรียนในพื้นที่ได้กว่า 54,000 คน และใช้งบประมาณรวมทั้งสิ้น 69.3 ล้านบาท ทั้งนี้ คาดว่าโครงการจะแล้วเสร็จทั้งหมดภายในเดือนมกราคม 2554