อุทกภัยดังกล่าวได้ก่อให้เกิดความเสียหายอย่างใหญ่หลวงกับสถาบันการศึกษานานาชาติซึ่งตั้งติดกับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ในจังหวัดปทุมธานี ขณะนี้สถาบันฯได้รับการดูแลความปลอดภัยเป็นอย่างดีจากการลาดตระเวนโดยเรือของเจ้าหน้าที่ทหาร
ห้องเรียน ห้องปฏิบัติการ หอพัก และสำนักงานต่างๆทั้งหมดซึ่งตั้งอยู่ชั้นล่างของสถาบันเอไอที ที่มีเนื้อที่เกือบ 1000 ไร่ ได้รับความเสียหายอย่างหนัก ดังนั้นในวันที่ 21 ตุลาคม สถาบันฯได้ทำการอพยพนักศึกษา พนักงานและอาจารย์จำนวนกว่า 1000 คน จากกว่า 40 ประเทศ ออกจากสถาบันฯ โดยส่วนใหญ่ได้เดินทางกลับประเทศของตนทันที
ขณะนี้สถาบันเอไอทีวางแผนที่จะเปิดเรียนอีกครั้งในวันที่ 1 ธันวาคม โดยจะตั้งวิทยาเขตชั่วคราวที่มหาวิทยาลัยนานาชาติแสตมฟอร์ด วิทยาเขตหัวหิน และมหาวิทยาลัยเว็บสเตอร์ ประเทศไทย วิทยาเขตชะอำ/หัวหิน
การย้ายสถานที่ตั้งชั่วคราวเป็นความตั้งใจที่จะอำนวยความสะดวกต่อการเรียนและการทำวิจัยของนักศึกษาปัจจุบัน และเพื่อรองรับนักศึกษาที่จะเข้าศึกษาที่สถาบันเอไอทีในภาคการศึกษาเดือนมกราคม 2555
สถาบันเอไอทียังได้จัดตั้งสำนักงานชั่วคราวขึ้นสองแห่งในใจกลางกรุงเทพฯ ณ อาคาร AIS/INTOUCH Tower 1 ชั้น 25 เลขที่ 414 ถนนพหลโยธิน ซอย 8 (สายลม) และอาคารมหิตลาธิเบศร คณะเศรษฐศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย