ในการวิพากษ์ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยได้แบ่งออกเป็น ๖ กลุ่ม ดังนี้
กลุ่มที่ ๑ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยและพัฒนาของการเป็นประเทศในประชาคมเศรษฐกิจอาเซียน (AEC)
กลุ่มที่ ๒ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยการบริหารจัดการน้ำ
กลุ่มที่ ๓ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยการบริหารจัดการพลังงาน
กลุ่มที่ ๔ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยความหลากหลายทางชีวภาพ
กลุ่มที่ ๕ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยสิ่งแวดล้อม
กลุ่มที่ ๖ ร่างยุทธศาสตร์การวิจัยในพื้นที่สูง