โดยในข้อ 2 (5) ของประกาศฯ กรมศุลกากรได้ผ่อนคลายหลักเกณฑ์และเงื่อนไข ให้ผู้ประกอบกิจการอู่เรือ หรือผู้ที่ประกอบกิจการอู่เรือสั่งให้นำเข้า สามารถขอยกเว้นอากรนำเข้าสำหรับส่วนประกอบ อุปกรณ์ประกอบ และวัสดุที่นำเข้ามาเพื่อใช้ซ่อมหรือสร้างเรือได้ โดยไม่ต้องจัดตั้งคลังสินค้าทัณฑ์บนตามกฎหมายศุลกากร และไม่มีการจำกัดขนาดเรือ ซึ่งการผ่อนคลายดังกล่าวจะเป็นประโยชน์ต่อผู้ประกอบการอู่เรือขนาดเล็ก หรือ SME ในการแข่งกับเรือจากต่างประเทศ
เดิมอุตสาหกรรมต่อเรือและซ่อมเรือได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลให้มีความสามารถในการแข่งขันกับนานาประเทศ โดยได้รับสิทธิประโยชน์ในการนำเข้าส่วนประกอบอุปกรณ์ และวัสดุสำหรับซ่อมหรือสร้างเรือหรือส่วนของเรือขนาด 15 ตันกรอส ขึ้นไป จากต่างประเทศ โดยได้รับการยกเว้นอากรนำเข้าผ่านคลังสินค้าทัณฑ์บน สำหรับอู่ซ่อมหรือสร้างเรือ แต่ยังมีปัญหาและอุปสรรคบางประการ ทำให้สิทธิประโยชน์ครอบคลุมไม่ทั่วถึง เป็นอุปสรรคต่อการพัฒนาอุตสาหกรรมต่อเรือและซ่อมเรือ ได้แก่
1. ผู้ประกอบการอู่เรือขนาดเล็กที่เป็น SMEs ไม่สามารถจัดตั้งคลังสินค้าทัณฑ์บนได้เนื่องจากต้องใช้เงินลงทุนสูง และเป็นภาระต่อการดำเนินงาน
2. การปฏิบัติตามหลักเกณฑ์ และระเบียบขั้นตอนต่างๆ ของคลังสินค้าทัณฑ์บนไม่เอื้อต่องานซ่อมเรือซึ่งเป็นงานเร่งด่วนมีระยะเวลาดำเนินการสั้น
3. ข้อกำหนดที่ไม่ส่งเสริมให้เกิดการแข่งขันกับต่างประเทศ เช่น การต่อเรือ Yacht ที่มีขนาด ต่ำกว่า 15 ตันกรอส ไม่สามารถใช้สิทธิประโยชน์ผ่านคลังฯได้ แต่การนำเข้าเรือสำเร็จรูปไม่ว่าขนาดใดได้รับสิทธิประโยชน์ทางภาษี ได้รับการยกเว้นทั้งภาษี ศุลกากร และภาษีสรรพสามิต ทำให้ผู้ประกอบการขนาดเล็กเสียเปรียบ
ทั้งนี้เมื่อวันที่ 6 ตุลาคม 2552 สมาคมต่อเรือและซ่อมเรือไทยได้มีหนังสือขอให้กรมศุลกากร พิจารณาปรับปรุงหลักเกณฑ์ และเงื่อนไขในการยกเว้นอากรสำหรับส่วนประกอบ อุปกรณ์ประกอบ และวัสดุที่นำเข้ามาเพื่อใช้ซ่อม หรือสร้างเรือ หรือส่วนของเรือ ตามภาค 4 ประเภทที่ 7 แห่งพระราชกำหนดพิกัดอัตราศุลกากร พ.ศ. 2530 ตามประกาศกรมศุลกากรที่ 89/2549 ลงวันที่ 27 กันยายน 2549 เพื่อเป็นการช่วยผลักดันอุตสาหกรรมต่อเรือและซ่อมเรือไทยให้สามารถแข่งขันกับตลาดต่างประเทศได้
กรมศุลกากรร่วมกับหน่วยงานภาครัฐ อาทิ กรมเจ้าท่า สำนักงานเศรษฐกิจการคลัง สำนักงานเศรษฐกิจอุตสาหกรรม สำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมการลงทุน (BOI) และสมาคมต่อเรือไทย ร่วมประชุมหารือศึกษารายละเอียด ปัญหา อุปสรรค รวมทั้งได้พิจารณานำเสนอปัญหาและอุปสรรคต่างๆ และในที่สุดรัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง ได้เห็นชอบให้อธิบดีกรมศุลกากรออกประกาศฉบับดังกล่าวกลุ่มอุตสหกรรมต่อเรือและซ่อมเรือสภาอุตสาหกรรมฯ จึงขอขอบคุณต่อกรมศุลกากรและหน่วยงานภาครัฐที่เกี่ยวข้องเป็นอย่างยิ่ง