แต่เดิม ศ. วรศักดิ์ ได้รักษาการในตำแหน่งอธิการบดีนี้ มาตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2556 ในระหว่างที่อดีตอธิการบดี คือ ศ. ซาอิด อิรานดุสต์ ได้ถูกคณะกรรมการอำนวยการฯสั่งพักงานตั้งแต่กุมภาพันธ์ที่ผ่านมา เพราะ ศ. อิรานดุสต์ได้พยายามดึงบริษัทธุรกิจการศึกษาข้ามชาติ เข้ามาใช้สถาบันฯเป็นเครื่องมือในการขยายธุรกิจการศึกษาในภูมิภาคเอเชีย อีกทั้งยังชักจูงให้องค์กรบริหารภายใต้กฏบัตรใหม่ของสถาบันฯ เข้ามาปกครองสถาบันเอไอที ทั้งที่ประเทศไทยยังไม่ได้ลงสัตยาบันและออกกฏหมายให้สืบทอดได้ องค์กรใหม่ได้ทำผิดกฏหมายโดยการประสาทปริญญาให้แก่นักศึกษาที่จบ ทั้งๆที่ยังไม่มีอำนาจ จนเกิดการประท้วงกันดังที่เป็นข่าวโดยทั่วไป ในที่สุด คณะกรรมการอำนวยการชุดเดิมจึงต้องกลับมาทำหน้าที่ตามเดิม และได้หวนกลับไปใช้กฏบัตร พ.ศ. 2510 ตามเดิม พร้อมกับตั้งคณะกรรมการสอบสวนหาข้อเท็จจริงอดีตอธิการบดีดังกล่าว
ศ. วรศักดิ์ กนกนุกุลชัย สำเร็จการศึกษาปริญญาตรีวิศวกรรมศาสตร์ (เกียรตินิยม) จากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ปริญญาโทด้านวิศวกรรมโครงสร้างจากสถาบันเอไอที และได้รับทุนฟุลไบรท์ไปจบปริญญาเอกมหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนีย เบิร์กลีย์ ใน พ.ศ. 2521 หลังจากนั้น ได้รับเชิญกลับมาทำงานจนเป็นศาสตราจารย์ในปี 2532 หลังจากนั้น ได้ทำงานบริหารเป็นคณบดีคณะวิศวกรรมโยธา คณบดีผู้ก่อตั้งสำนักวิชาวิศวกรรมและเทคโนโลยี และรองอธิการบดีฝ่ายพัฒนาทรัพยากร ก่อนที่จะดำรงตำแหน่งอธิการบดีในปัจจุบัน
ในช่วงการทำงาน ศ.วรศักดิ์ เคยได้รับรางวัลในระดับชาติและระดับนานาชาติจำนวนมาก นอกจากจะเป็นภาคีสมาชิกราชบัณฑิตสถาน ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2540 ยังได้รับรางวัล นักวิจัยดีเด่นแห่งชาติ ใน พ.ศ. 2542 จากสภาวิจัยแห่งชาติ ในส่วนของการช่วยเหลือสังคมและวิชาชีพ ศ.วรศักดิ์ เคยดำรงตำแหน่งอุปนายก วิศวกรรมสถานแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ถึงสองวาระ เคยเป็นที่ปรึกษารัฐมนตรีกระทรวงคมนาคม เป็นกรรมการในการทางพิเศษแห่งประเทศไทย และกรรมการของบริษัทท่าอากาศยานไทย จำกัด(มหาชน) เป็นต้น ในระดับนานาชาติ ศ.วรศักดิ์ เป็นกรรมการบริหารขององค์การ International Association of Computational Mechanics เป็นรองประธาน Global Alliance for Disaster Reduction (GADR)