รองศาสตราจารย์นายแพทย์สรนิต ศิลธรรม ผู้อำนวยการศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษกและคณะผู้บริหารได้ให้ความสำคัญกับสิ่งแวดล้อมขององค์กรจึงได้นำระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม ISO 14001 มาปฎิบัติควบคู่กับระบบการจัดการคุณภาพตามมาตรฐานคุณภาพโรงพยาบาล เพื่อให้เป็นโรงพยาบาลที่มีมาตรฐานอยู่เคียงข้างชุมชน
โครงการดังกล่าวได้เริ่มดำเนินการมาตั้งแต่เมื่อเดือนเมษายน ปี พ.ศ. 2556โดยได้รับการส่งเสริมและสนับสนุนจากผู้บริหารศูนย์การแพทย์ฯในการวางแผน กำหนดนโยบายเช่น นโยบายอนุรักษ์พลังงาน นโยบายสิ่งแวดล้อม เพื่อเป็นแนวทางการดำเนินงานโดยส่งเสริมการฝึกอบรม ปลูกฝัง กระตุ้นการสร้างจิตสำนึกต่อสิ่งแวดล้อมอย่างสม่ำเสมอ มีวิธีการ คือ ปฏิบัติตามกฎหมายหรือข้อกำหนดด้านสิ่งแวดล้อมอย่างเคร่งครัด มีการดำเนินการจัดหาวัสดุอุปกรณ์ที่ใช้ในภารกิจของโรงพยาบาลโดยเลือกที่ส่งผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมน้อยที่สุด มีวัตถุประสงค์และเป้าหมายอย่างชัดเจน เช่น การควบคุมมลภาวะทางอากาศ การจัดการน้ำเสีย การบริหารจัดการขยะโดยมีการวางแผนการดำเนินการอย่างชัดเจน เช่น ดำเนินการทำความเข้าใจและประยุกต์ใช้ระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม การจัดทำและปรับปรุงเอกสาร มีการนำระบบการจัดการสิ่งแวดล้อมที่จัดทำไปใช้งาน มีการตรวจติดตามภายในระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม การตรวจเบื้องต้นโดยทีมที่ปรึกษา การตรวจรับรองระบบและได้ผ่านการตรวจสอบจากผู้ตรวจสอบภายนอกโดย บริษัท ทูฟ นอร์ด (ประเทศไทย) จำกัด
เมื่อวันอังคารที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2557 รองศาสตราจารย์นายแพทย์สรนิต ศิลธรรม ผู้อำนวยการศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษก มหาวิทยาลัยมหิดล ทำพิธีรับมอบใบประกาศนียบัตรรับรองมาตรฐานระบบการจัดการสิ่งแวดล้อม หรือ ISO 14001:2004 โดยได้รับเกียรติจากตัวแทนจากบริษัท ทูฟ นอร์ด (ประเทศไทย) จำกัด เป็นผู้มอบใบประกาศนียบัตร
จากการดำเนินงานดังกล่าวทำให้มีการจัดการเรื่องของสิ่งแวดล้อมอย่างเป็นระบบ เกิดความมั่นใจในภาวะฉุกเฉินต่างๆ และในส่วนขององค์กรช่วยลดค่าใช้จ่ายในการจัดการของเสียต่างๆไม่ส่งผลกระทบต่อสภาพแวดล้อม มีระบบการจัดการสิ่งแวดล้อมทำให้ใช้ทรัพยากรอย่างคุ้มค่าและมีประสิทธิภาพมากที่สุด
ผู้บริหารและบุคลากรศูนย์การแพทย์กาญจนาภิเษกได้ตระหนักถึงปัญหาของสิ่งแวดล้อมจึงมีการจัดทำคู่มือและแนวทางปฏิบัติตามระบบการจัดการด้านสิ่งแวดล้อม ISO 14001ควบคู่กับการรักษา มุ่งเน้นการบริหารจัดการที่ดี ที่การพัฒนาคุณภาพในทุกด้านอย่างต่อเนื่องและยั่งยืนตลอดไปเพราะ เรามีความเชื่อมั่นว่าเมื่อสิ่งแวดล้อมดีจะช่วยส่งเสริมสุขภาพของประชาชนให้จะดีตามไปด้วยสมกับคำกล่าวที่ว่า “เราจะบริการด้วยหัวใจความเป็นมนุษย์”