สืบเนื่องจากสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ (สำนักงาน ป.ป.ท.) มีเอกสารแถลงข่าวเมื่อวันที่ 23 กรกฎาคม 2557 รายงานว่า สำนักงาน ป.ป.ท. เขตพื้นที่ 2 ได้รับเรื่องร้องเรียนเกี่ยวกับการทุจริตโครงการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลทั่วประเทศ ปีงบประมาณ 2554 ของกรมทรัพยากรน้ำบาดาล โดยสำนักทรัพยากรน้ำบาดาล เขต 9 (ระยอง) จำนวน 600 บ่อ และได้ทำการสุ่มตรวจบ่อน้ำบาดาลตามโครงการดังกล่าว ซึ่งเชื่อว่าจะมีการทุจริตโดยไม่ได้ดำเนินการอุดกลบบ่อน้ำบาดาล จำนวน 8 แห่ง ได้แก่
1) โรงเรียนนิคมสร้างตนเองจังหวัดระยอง ตำบลมะขามคู่ อำเภอนิคมพัฒนา จังหวัดระยอง
2) โรงเรียนบ้านชากมะหาด ตำบลบางบุตร อำเภอบ้านค่าย จังหวัดระยอง
3) โรงเรียนบ้านเขาวังม่าน ตำบลนาขวัญ อำเภอเมือง จังหวัดระยอง
4) โรงเรียนบ้านชากลูกหญ้า ตำบลห้วยโป่ง อำเภอเมือง จังหวัดระยอง
5) โรงเรียนวัดบ้านค่าย ตำบลบ้านค่าย อำเภอบ้านค่าย จังหวัดระยอง
6) โรงเรียนวัดยายดา ตำบลตะพง อำเภอเมือง จังหวัดระยอง
7) โรงเรียนวัดแกลงบน ตำบลกะเฉด อำเภอเมือง จังหวัดระยอง
8) โรงเรียนบ้านเนินเสาธง ตำบลตะพง อำเภอเมือง จังหวัดระยอง
กรมทรัพยากรน้ำบาดาลขอชี้แจงว่า สำนักทรัพยากรน้ำบาดาลเขต 9 (ระยอง) ได้รายงานให้ทราบว่า สำนักงาน ป.ป.ท. เขตพื้นที่ 2 ร่วมกับทหาร และตำรวจ เข้าไปดำเนินการตรวจสอบโรงเรียนทั้ง 8 แห่งดังกล่าว โดยมิได้แจ้งให้สำนักทรัพยากรน้ำบาดาลเขต 9 (ระยอง) เข้าร่วมตรวจสอบด้วย แต่สำนักทรัพยากรน้ำบาดาล เขต 9 (ระยอง) ได้มอบหมายเจ้าหน้าที่เข้าตรวจสอบในช่วงวันเวลาใกล้เคียงกัน พบว่า บ่อน้ำบาดาลตามที่สำนักงาน ป.ป.ท. กล่าวอ้างนั้น มีการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลจริงทั้ง 8 แห่ง เสร็จเรียบร้อยแล้ว ส่วนบ่อน้ำบาดาล ที่เหลืออีกจำนวน 592 บ่อ กรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้มอบหมายให้เจ้าหน้าที่สำนักทรัพยากรน้ำบาดาลเขต 9 (ระยอง) เข้าไปตรวจสอบเพิ่มเติม พบว่า มีการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลทั้งหมดครบถ้วนแล้วทุกแห่ง และขณะนี้อยู่ระหว่างรอผลสรุปการตรวจสอบของสำนักงาน ป.ป.ท. เขตพื้นที่ 2 ร่วมกับทหาร และตำรวจ เพื่อกรมทรัพยากรน้ำบาดาลจะได้ชี้แจงข้อเท็จจริงต่อไป
สำหรับกรณีการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลที่โรงเรียนวัดมาบข่า หมู่ที่ 5 ตำบลมาบข่า อำเภอนิคมพัฒนา จังหวัดระยอง ซึ่งรายการคอลัมน์หมายเลข 7 ของสถานีโทรทัศน์สีกองทัพบกช่อง 7 นำเสนอว่า เจ้าหน้าที่ของ กรมทรัพยากรน้ำบาดาลได้มีการเบิกจ่ายเงินงบประมาณในการอุดกลบบ่อน้ำบาดาล แต่ไม่ได้ดำเนินการอุดกลบ บ่อน้ำบาดาลดังกล่าว ข้อเท็จจริงคือ มีการร้องเรียนในปีงบประมาณ 2549 ว่า มีการเบิกจ่ายเงินของสำนัก ทรัพยากรน้ำบาดาล เขต 9 (ระยอง) หรือเดิมคือ ศูนย์ทรัพยากรน้ำบาดาลภาค 8 ชลบุรี ไม่ถูกต้อง ตามโครงการ ขาดแคลนน้ำอุปโภค-บริโภค เพื่อทำการขุดเจาะน้ำบาดาลในเขตภาคตะวันออก และโครงการอุดกลบบ่อน้ำบาดาล ปี 2549 โดยสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินได้แจ้งให้กรมทรัพยากรน้ำบาดาลตรวจสอบ โดยตั้งคณะกรรมการสอบสวนหาข้อเท็จจริงและได้ข้อสรุปว่า บ่อน้ำบาดาลที่โรงเรียนวัดมาบข่า ไม่ได้ดำเนินการอุดกลบจริง เนื่องจากผู้อำนวยการโรงเรียนวัดมาบข่าในขณะนั้น ขอไว้เพื่อเป็นอนุสรณ์ของโรงเรียนวัดมาบข่า และต้องการเก็บไว้ให้นักเรียนได้ศึกษา เจ้าหน้าที่ของกรมทรัพยากรน้ำบาดาล จำนวน 2 ราย เมื่อรับทราบแล้ว จึงเปลี่ยนสถานที่ไปสำรวจเพื่อขออุดกลบบ่อน้ำบาดาลที่วัดหนองบอนแทน โดยมีกรรมการวัดหนองบอนเป็นผู้อนุญาตให้เข้าไปอุดกลบบ่อน้ำบาดาลดังกล่าว แต่มีการรายงานต่อผู้บังคับบัญชาว่า ได้ดำเนินการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลที่โรงเรียนวัดมาบข่าแล้ว ดังนั้น กรมทรัพยากรน้ำบาดาลจึงแจ้งความร้องทุกข์ต่อพนักงานสอบสวนเพื่อดำเนินการทางอาญากับเจ้าหน้าที่ทั้ง 2 ราย และดำเนินการตามพระราชบัญญัติความรับผิดทางละเมิดของเจ้าหน้าที่ พ.ศ. 2539 พร้อมสั่งลงโทษทางวินัยกับเจ้าหน้าที่ทั้ง 2 รายดังกล่าวที่กระทำผิดวินัย ข้อ 38 ของระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยลูกจ้างประจำของส่วนราชการ พ.ศ. 2537 ให้ลงโทษตัดเงินเดือนร้อยละ 5 เป็นเวลา 3 เดือน และได้รายงานผลการดำเนินการสอบสวนให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องทราบ ได้แก่ กระทรวงการคลัง กระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดินภูมิภาคที่ 2 และสำนักงานปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี ซึ่งกรณีดังกล่าวได้มีข้อ สิ้นสุดแล้วตั้งแต่ปี พ.ศ. 2553 ที่ผ่านมา
ทั้งนี้ อธิบดีกรมทรัพยากรน้ำบาดาลเปิดเผยว่า บ่อน้ำบาดาลทั่วประเทศมีจำนวนทั้งสิ้น 232,868 บ่อ และเมื่อปี 2546 ได้สำรวจสถานภาพบ่อน้ำบาดาลทั่วประเทศพบว่า มีบ่อน้ำบาดาลที่ไม่ได้ใช้งาน ชำรุด หมดอายุ เสื่อมสภาพ หรือถูกทิ้งร้างไม่มีการดูแลรักษา และมีแหล่งน้ำอื่นใช้ทดแทนแล้ว จำนวน 44,271 บ่อ ซึ่งหากปล่อยทิ้งไว้โดยไม่ทำการอุดกลบอย่างถูกวิธี อาจก่อให้เกิดการปนเปื้อนต่อชั้นน้ำบาดาล โดยเฉพาะพื้นที่ที่มีชั้นน้ำเค็มสลับกับชั้นน้ำจืด ผนังบ่อน้ำบาดาลจะถูกนำเค็มกัดกร่อนให้ทะลุ หรือรั่วได้ ทำให้น้ำเค็มแทรกซึมเข้าสู่ชั้นน้ำจืดคุณภาพน้ำจะเปลี่ยนแปลงและเสื่อมสภาพจนกลายเป็นชั้นน้ำเค็มหรือน้ำเสียในที่สุด กรมทรัพยากรน้ำบาดาล จึงได้ดำเนินการอุดกลบบ่อน้ำบาดาลเพื่อการอนุรักษ์แหล่งทรัพยากรน้ำบาดาล นับตั้งแต่ปี 2547-2556 รวมทั้งสิ้น 39,385 บ่อ ปัจจุบันอยู่ระหว่างดำเนินการอีกจำนวน 4,886 บ่อ ใช้งบประมาณ 104 ล้านบาท และคาดว่าจะแล้วเสร็จทั้งหมดภายในเดือนเมษายน 2558