ประการแรก คือ WTO มีคำวินิจฉัยอย่างชัดแจ้งว่าประเทศไทยดำเนินการขัดต่อพันธกรณีของตนที่มีต่อ WTO ในเรื่องการกำหนดราคาศุลกากร ซึ่งรวมถึงการปฏิเสธราคานำเข้าที่ PMTL สำแดงสำหรับการนำเข้าบุหรี่ซิกาแรตจากประเทศฟิลิปปินส์ในปี 2549 – 2551 และไทยมีการกำหนดราคานำเข้าที่เป็นทางเลือกอื่นอย่างไม่ถูกต้อง ในปี 2555 คณะกรรมการพิจารณาอุทธรณ์ของกรมศุลกากรไทย ซึ่งเป็นหน่วยงานพิจารณาอุทธรณ์ในทางบริหารสูงสุดสำหรับการพิจารณาอุทธรณ์เรื่องเกี่ยวกับการกำหนดราคาศุลกากรในประเทศไทยนั้น ตระหนักถึงผลผูกพันของคำวินิจฉัยของ WTO โดยได้ยอมรับราคานำเข้าที่บริษัทฯสำแดงเป็นราคาศุลกากรที่ถูกต้องสำหรับการนำเข้าบุหรี่ซิกาแรตจากฟิลิปปินส์โดย PMTL ในช่วงเวลาที่เกี่ยวข้องดังกล่าว อีกทั้ง คำตัดสินและคำวินิจฉัยของ WTO เกี่ยวข้องโดยตรงกับข้อกล่าวหาในคดีอาญาต่อ PMTL และบุคคลอื่นที่เกี่ยวข้องในประเทศไทย เนื่องจากข้อกล่าวหาที่เกิดขึ้นในประเทศนั้นเป็นประเด็นเกี่ยวกับการกำหนดราคาศุลกากรในการนำเข้าสินค้าอย่างเดียวกันจากผู้ส่งออกรายเดียวกันและจากประเทศที่ส่งออกประเทศเดียวกัน มายังผู้นำเข้ารายเดียวกันในช่วงเวลาเดียวกันกับที่เป็นข้อพิพาทในกระบวนการพิจารณาขององค์การการค้าโลก ดังนั้น หากประเทศไทยดำเนินการฟ้อง PMTL ก็จะเป็นการดำเนินการที่ไม่สอดคล้องกับคำวินิจฉัยของ WTO มากขึ้นไปอีกเนื่องจากจะเป็นการดำเนินคดีอาญากับราคานำเข้าที่ PMTL สำแดงซึ่งทาง WTO ได้มีคำวินิจฉัยแล้วว่าไม่ควรถูกปฏิเสธ
ความคลาดเคลื่อนที่ปรากฏในรายงานข่าวอีกประการหนึ่งซึ่งไม่ตรงกับข้อเท็จจริง คือ กฎเกณฑ์ของ WTO นั้นแท้จริงแล้วมีผลกับหน่วยงานราชการของประเทศไทยทุกหน่วยงานรวมถึงทุกการกระทำและการงดเว้นการกระทำของรัฐบาลไทย ดังนั้น การดำเนินคดีกับบริษัทฯ และบุคคลที่เกี่ยวข้องภายใต้กฎหมายอาญาของประเทศไทยไม่ได้หมายความว่าจะไม่จำเป็นต้องคำนึงถึงกฎเกณฑ์ขององค์การการค้าโลกแต่อย่างใด ด้วยเหตุนี้ ประเทศฟิลิปปินส์จึงมีสิทธิที่จะโต้แย้งคัดค้านเกี่ยวกับข้อกล่าวหาในคดีอาญาและ/หรือตามด้วยการดำเนินการฟ้องร้องใดๆ ที่มีต่อ PMTL และบุคคลอื่นที่เกี่ยวข้อง โดยฟิลิปปินส์สามารถอาศัยช่องทางเร่งด่วนในกระบวนการปฏิบัติตามคำวินิจฉัยในชั้น WTO ได้ และในขั้นต่อไปฟิลิปปินส์ก็จะมีสิทธิ์ในการดำเนินการในลำดับถัดมาตามกระบวนการระงับข้อพิพาทของ WTO ได้ทันที ซึ่งอาจจะเป็นการเรียกร้องค่าเสียหายจากประเทศไทยหรืออาจเลือกบังคับใช้มาตรการการลงโทษทางการค้า (trade sanctions) ต่อประเทศไทยได้
อีกประเด็นที่มีความไม่ถูกต้องแต่กลับถูกยกขึ้นมารายงานซ้ำๆ โดยกลุ่มผู้สนับสนุนให้มีการดำเนินการฟ้องร้องต่อบริษัทฯ คือ การอ้างว่าบริษัทฯ ชำระภาษีขาดไป 68,000 ล้านบาท ซึ่งเป็นการประมาณตัวเลขโดยใช้ราคานำเข้าของ PMTL ไปเปรียบเทียบกับราคาสินค้าปลอดอากร (ดิวตี้ฟรี) หนึ่งในหลักการพื้นฐานของการกำหนดราคาศุลกากรภายใต้กฎหมายทั้งศุลกากรไทยและองค์การการค้าโลก คือ การเปรียบเทียบระหว่างราคาสำหรับสินค้าที่อยู่ในสายการจัดจำหน่ายแบบเสียอากรและในสายจัดจำหน่ายแบบปลอดอากรนั้นไม่สามารถกระทำได้ เนื่องจากช่องทางการจัดจำหน่ายทั้งสองประเภทนี้มีความแตกต่างกัน อีกทั้งการขายสินค้าแบบปลอดอากรนั้นยังไม่ต้องมีการเสียภาษีสรรพสามิตในประเทศอีกด้วย
ประเทศฟิลิปปินส์ได้แจ้งเตือนประเทศไทยในหลายโอกาส ดังที่ปรากฏในเอกสารที่เปิดเผยต่อสาธารณชนของ WTO ให้ประเทศไทยดำเนินการให้สอดคล้องกับคำวินิจฉัยของ WTO อีกทั้งยังได้แจ้งถึงความกังวลต่อความเป็นไปได้ในการดำเนินการฟ้องร้องคดีอาญาต่อ PMTL ด้วย ทั้งนี้ในรายงานประจำที่ฟิลิปปินส์ได้นำส่ง WTO นั้น ฟิลิปปินส์เน้นย้ำว่ากฎเกณฑ์การกำหนดราคาศุลกากรของ WTO นั้นมีผลกับการดำเนินกระบวนการพิจารณาทางอาญาด้วย และได้ระบุโดยเฉพาะถึงข้อกล่าวหาในคดีอาญาที่ได้มีการดำเนินการต่อ PMTL และผู้ถูกกล่าวหารายบุคคล ว่าเป็นการกระทำที่บ่อนทำลายพันธกรณีของประเทศไทยที่มีหน้าที่ในการดำเนินการให้สอดคล้องกับคำวินิจฉัยของ WTO ประเทศไทยเองก็ได้ยืนยันกับประเทศฟิลิปปินส์มาโดยตลอดว่าไทยจะดำเนินการให้สอดคล้องกับพันธกรณีที่ตนมีต่อ WTO อนึ่ง แม้ว่าข้อเท็จจริงเหล่านี้จะปรากฏให้เห็นอยู่ แต่ผู้ที่สนับสนุนให้มีการดำเนินการฟ้องร้อง PMTL กลับทำเสมือนที่จะยอมละทิ้งผลประโยชน์ของประเทศไทย รวมทั้งชื่อเสียงของระบบกฎหมายของไทยในสายตาของนักลงทุนและประชาคมการค้าระหว่างประเทศ เพียงเพื่อจะผลักดันวาระทางการเมืองหรือผลประโยชน์อื่นของตนเท่านั้น
ฟิลลิป มอร์ริส (ไทยแลนด์) ลิมิเต็ดประกอบธุรกิจในประเทศไทยมาเป็นเวลากว่า 25 ปี นับตั้งแต่วันแรกที่มีการเริ่มดำเนินการสอบสวน บริษัทฯ ก็ได้ให้ความร่วมมืออย่างเต็มที่กับการสอบสวน ในขณะเดียวกันก็ยืนยันว่าการดำเนินการในการกำหนดราคาศุลกากรและราคานำเข้าที่ PMTL สำแดงนั้นถูกต้องตามกฎหมายไทยและกฎเกณฑ์ด้านการกำหนดราคาศุลกากรที่เกี่ยวข้องของ WTO แม้จะมีการโจมตีบริษัทด้วยข้อกล่าวหาที่ผิด ไม่ตรงกับความจริง ทั้งยังเป็นการใส่ความนั้น PMTL ก็มิได้ดำเนินการอะไรนอกเหนือไปจากการร้องขอความเป็นธรรมจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องซึ่งเป็นสิทธิที่สามารถกระทำได้ตามกฎหมายไทย ทั้งนี้บริษัทฯและผู้ถูกกล่าวหารายบุคคลเชื่อเป็นอย่างยิ่งว่าตนเองมิได้กระทำผิดแต่อย่างใด ดังนั้นจึงไม่สมควรที่จะต้องถูกกล่าวหาว่าร้ายอย่างรุนแรงอย่างเช่นที่ต้องประสบอยู่มาเป็นเวลากว่า 10 ปีซึ่งเป็นผลจากข้อกล่าวหาที่ไม่มีมูลแต่อย่างใด ทั้งนี้ PMTL ยังคงรอการพิจารณาทบทวนข้อกล่าวหาที่ไม่มีมูลดังกล่าวนี้และเชื่อเป็นอย่างยิ่งว่าประเทศไทยจะรักษาคำมั่นในสิ่งที่ตนเองได้ยืนยันอย่างเปิดเผยกับประเทศฟิลิปปินส์และประชาคมการค้าระหว่างประเทศว่าตนจะดำเนินการให้สอดคล้องกับพันธกรณีที่มีอยู่ต่อ WTO