ด้านการดำเนินนโยบายแบ่งเป็น 3 ส่วน คือ
1. ด้านการผลิต ได้มีการจัดทำแผนยกระดับฟาร์มตามหลักเกณฑ์การปฏิบัติทางการเกษตรที่ดีสำหรับฟาร์มโคนม (Good Agricultural Practice: GAP) โดยมีเป้าหมายการดำเนินงานครบถ้วน 100% ภายในภาคเรียนที่ 2/2560 ซึ่งปัจจุบันมีฟาร์มทั้งหมดจำนวน 16,770 ฟาร์ม ที่ผ่านเกณฑ์ GAP แล้วจำนวน 4,025 ฟาร์ม คิดเป็น 24% ทั้งนี้กรมปศุสัตว์จะมีแผนตรวจติดตามและให้คำแนะนำการพัฒนาฟาร์มอย่างต่อเนื่อง และการยกระดับคุณภาพน้ำนมดิบ ประกอบด้วยการพัฒนาการดำเนินงาน 2 เรื่อง คือ ปริมาณของแข็งรวม (Total Solid: TS) จากมาตรฐานเดิม 12.00% ให้เป็น 12.15% ในปีการศึกษา 1/2559 และเป็น 12.50% ในภาคเรียนที่ 2/2560 โดยการให้ความรู้ความเข้าใจกับเกษตรกร ติดตามและประเมินผลวิเคราะห์จากตัวอย่างจากศูนย์รวบรวมน้ำนมทุกศูนย์ฯ เดือนละ 1 ครั้ง มีแผนการเพิ่มประสิทธิภาพทั้งระบบ เช่น ปรับปรุงอาหารโดยนำอาหารสำเร็จ (Total Mixed Ration : TMR) มาใช้ และปริมาณเซลล์เม็ดเลือดขาว (Somatic Cell Count : SCC) จากเกณฑ์เดิม 750,000 เซลล์/ซีซี เป็น650,000 เซลล์/ซีซี ในปีการศึกษา 1/2559 ทั้งนี้ ได้มีกำหนดแนวทางให้ความรู้กับเกษตรกร ของหน่วยพัฒนาสุขภาพและผลผลิตโคนม (Dairy Herd Health Unit) ของกรมปศุสัตว์ พร้อมทั้งตรวจติดตามผลจากศูนย์รวบรวมน้ำนมทุกศูนย์ฯ เดือนละ 1 ครั้ง อย่างต่อเนื่อง โดยมีเป้าหมายลดจำนวนปริมาณเซลล์เม็ดเลือดขาว เหลือ 500,000 เซลล์/ซีซี ภายในภาคเรียนที่ 2/2560
2. การแปรรูป การขนส่งและการเก็บรักษา ได้กำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการที่ดีในการผลิตอาหาร (Good Manufacturing Practice: GMP) ปัจจุบันศูนย์/สหกรณ์ของประเทศไทยที่เข้าร่วมโครงการฯ จำนวน 167 ศูนย์ฯ/สหกรณ์ ผ่าน GMP ครบ 100% แล้ว ส่วนหลักเกณฑ์การขนส่งนมโรงเรียน (Logistics) และการจัดเก็บที่โรงเรียน ทั้งนมพาสเจอร์ไรส์ และนม UHT อย่างชัดเจน ซึ่งจากการสำรวจผู้ประกอบการที่เข้าร่วมโครงการพบว่ามีรถขนส่งนมโรงเรียน รวม 922 คัน เป็นรถขนส่งนมพาสเจอร์ไรส์จำนวน 675 คัน และรถบรรทุกนม UHT จำนวน 247 คัน นอกจากนี้การจัดเก็บนมที่โรงเรียน ได้มีการกำหนดหลักเกณฑ์การจัดเก็บนมที่โรงเรียนทั้งนมพาสเจอร์ไรส์ และ นม UHT โดยให้โรงเรียนถือปฏิบัติอย่างเคร่งครัดในการตรวจรับนมโรงเรียน โดยสุ่มตรวจคุณภาพ พร้อมตัดชิมก่อนที่จะให้เด็กนักเรียนดื่ม ทั้งนี้ผู้ประกอบการเป็นผู้สนับสนุนอุปกรณ์ในการรักษาคุณภาพนมพาสเจอร์ไรส์ เช่น ถังแช่/ตู้เย็น เทอร์โมมิเตอร์ ฯลฯ
อย่างไรก็ตาม กระทรวงเกษตรฯ ได้วางระบบการติดตามการขนส่ง และการเก็บรักษาผลิตภัณฑ์นมโรงเรียนในแต่ละจังหวัด โดยในระดับจังหวัด คณะกรรมการอาหารเสริม(นม)โรงเรียน ระดับจังหวัด ที่มีผู้ว่าราชการจังหวัดเป็นประธาน บูรณาการร่วมกัน 4 กระทรวง คือ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ กระทรวงมหาดไทย กระทรวงสาธารณสุข และกระทรวงศึกษาธิการ โดยกำหนดหน้าที่ในการจัดทำแผนและติดตามกำกับดูแลการบริหารจัดการคุณภาพนมในโครงการอาหารเสริม(นม)โรงเรียน ในเขตพื้นที่จังหวัด หากพบปัญหา อุปสรรค เกี่ยวกับโครงการอาหารเสริม(นม)โรงเรียน ขอให้รายงานผู้ว่าราชการจังหวัด ทราบโดยเร็ว ส่วนระดับกระทรวง ผู้ตรวจราชการกระทรวงเกษตรฯ ร่วมกับ Single Command ของกระทรวงเกษตรฯ และกรมปศุสัตว์ บูรณาการประสานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องปฏิบัติการเพื่อตรวจติดตามกำกับดูแลอย่างต่อเนื่องทุกเดือน
และ 3. การบริหารจัดการ เน้นดำเนินการ 4 แนวทาง คือ 1. การพัฒนาบรรจุภัณฑ์นมโรงเรียนให้ได้มาตรฐานสูงขึ้น เพื่อส่งเสริมสร้างแรงจูงใจให้เด็กนักเรียนบริโภคนม และมีส่วนร่วมในการพัฒนารูปแบบบรรจุภัณฑ์ โดยจัดการประกวดออกแบบกล่องนมโรงเรียน และจะนำไปใช้ในภาคเรียนที่ 1/2560 2. ส่งเสริมและรณรงค์การบริโภคนมในประเทศให้เพิ่มขึ้น โดยให้คณะอนุกรรมการรณรงค์การบริโภคนม กำหนดแผนกลยุทธ์และแผนงาน/โครงการ มีเป้าหมายการบริโภคนมเพิ่มขึ้นปีละ 10% จากปัจจุบันคนไทยบริโภคนมอยู่ที่ 14 ลิตร/คน/ปี 3. การจัดสรรสิทธิพื้นที่การจำหน่ายนมโรงเรียนสำหรับภาคการศึกษา 1/2559 โดยเปิดโอกาสให้ผู้ประกอบการผลิตภัณฑ์นมโรงเรียนได้รับสิทธิในการผลิตนมโรงเรียนเพิ่มขึ้น ทั้งนี้ ปัจจุบันได้มีการปรับเปลี่ยนวิธีการจัดสรรโควตานมโรงเรียนให้เกิดความเป็นธรรม โปร่งใส และตอบสนองความต้องการ ภายใต้การพิจารณาของคณะอนุกรรมการเฉพาะกิจเพื่อพิจารณากำหนดหลักเกณฑ์และวิธีการดำเนินงานโครงการอาหารเสริม(นม)โรงเรียน ทั้งนี้ มีผู้มาสมัครทั้งสิ้น 71 ราย ผ่านเกณฑ์การพิจารณา เพียง 67 ราย ที่ไม่ผ่านเกณฑ์ เนื่องจากน้ำนมดิบไม่ได้คุณภาพมาตรฐาน 3 ราย และไม่มี MOU น้ำนมอีก 1 ราย นอกจากนี้ ยังได้กำหนดให้มีการพิจารณาความผิดและกำหนดโทษและอัตราเบี้ยปรับ เพื่อลงโทษผู้ฝ่าฝืนที่ไม่ปฏิบัติตามหลักเกณฑ์อย่างเคร่งครัด และ 4. การจัดสรรสิทธิและพื้นที่การจำหน่ายของปีการศึกษา 2559 ได้ผ่านความเห็นชอบจากคณะกรรมการโคนมและผลิตภัณฑ์นมในการประชุมเมื่อวันที่ 2 พฤษภาคม 2559 โดยรัฐบาลได้จัดสรรงบประมาณในการจัดซื้ออาหารเสริม(นม)โรงเรียน ประมาณ 14,000 ล้านบาท สำหรับเด็กนักเรียนชั้นอนุบาล ถึงประถมศึกษาปีที่ 6 จำนวน 7.45 ล้านคน ได้ดื่มนมทุกวันเป็นเวลา 260 วัน คิดเป็นน้ำนมดิบที่รับซื้อจากเกษตรกร/สหกรณ์ทั้งสิ้น จำนวน 1,136.7 ตัน/วัน โดยมีผู้ประกอบการเข้าร่วมโครงการทั้งสิ้น 67 ราย ที่พร้อมดำเนินการส่งนมให้กับโรงเรียนทั่วประเทศตั้งแต่วันที่ 15 พฤษภาคม 2559 เป็นต้นไป.