ส่วนในกรณีที่ว่า ปตท. และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ไม่ได้ปฏิบัติตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 18 ธันวาคม 2550 นั้น ใคร่ขอชี้แจงว่า ปตท. และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ได้ร่วมกันดำเนินการแบ่งแยกทรัพย์สินตามมติ ครม. แล้ว โดย ครม. ได้มอบหมายให้ กระทรวงการคลัง กระทรวงพลังงาน และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง ดำเนินการโดยไม่ต้องรายงาน ครม. ก่อนแต่อย่างใด จนเมื่อดำเนินการเรียบร้อย กระทรวงการคลังและกระทรวงพลังงานจึงได้รายงาน ครม. เพื่อทราบเมื่อวันที่ 10 สิงหาคม 2553 โดย ครม. ไม่มีความเห็นแย้งใดๆ
นอกจากนี้ ในส่วนที่ คตง./ สตง. มีความเห็นว่า ปตท. มิได้รอความเห็นของ สตง. ก่อนยื่นคำร้องต่อศาลฯเมื่อวันที่ 25 ธันวาคม 2551 นั้น ขอชี้แจงว่า ปตท. ได้นำส่งข้อมูลบัญชีทรัพย์สินทั้งหมดให้ สตง. พิจารณาแล้ว ตั้งแต่วันที่ 31 มกราคม 2551 ซึ่ง สตง. มิได้มีความเห็นกลับมายัง ปตท. แต่อย่างใด และตามที่มีการกล่าวอ้างว่า ได้ส่งรายงานฉบับลงวันที่ 10 ตุลาคม 2551 ให้แก่ ปตท. แจ้งว่า ปตท. ยังคืนท่อก๊าซฯ ไม่ครบนั้น ปรากฏว่า รายงานดังกล่าว เป็นเพียงเอกสารแนบท้ายหนังสือของ สตง. ฉบับลงวันที่ 26 ธันวาคม 2551 เท่านั้น ซึ่ง ปตท. ไม่เคยได้รับมาก่อน โดย สตง. นำส่งให้แก่ ปตท. ศาลฯ และหน่วยงานอื่นๆ เมื่อวันที่ 29 ธันวาคม 2551 ซึ่งเป็นเวลาหลังจากที่ศาลฯ มีคำสั่งแล้วและเป็นวันที่หมดเขตการขยายเวลาแบ่งแยกทรัพย์สินตามคำสั่งศาลฯ
ทั้งนี้ สตง. ได้มีหนังสือฉบับลงวันที่ 20 กุมภาพันธ์ 2552 ถึง ปตท. และศาลฯ อีกครั้งหนึ่ง ระบุว่า "การดำเนินการแบ่งแยกและส่งมอบทรัพย์สินของ ปตท. ให้กระทรวงการคลังตามคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุด จะครบถ้วนและเป็นไปตามคำพิพากษาหรือไม่ ขึ้นอยู่กับคำวินิจฉัยของศาลปกครองสูงสุด ที่จะพิจารณา ซึ่งคำวินิจฉัยของศาลปกครองสูงสุดถือเป็นยุติ" ซึ่ง เมื่อวันที่ 10 มีนาคม 2552 สำนักงานศาลปกครองสูงสุด ได้มีหนังสือตอบ สตง. กรณีอ้างว่า ปตท. ยังคืนท่อก๊าซฯ ไม่หมดนั้น ศาลได้พิจารณาข้อมูลของ สตง. ทั้งสองฉบับแล้ว โดยสรุปว่า "ได้ติดตามผลการดำเนินงานตามคำพิพากษาของผู้ถูกฟ้องคดีทั้งสี่ และรายงานให้ศาลฯทราบ ซึ่งศาลปกครองสูงสุดพิเคราะห์แล้วเห็นว่า ผู้ถูกฟ้องคดีที่ 1 ถึงที่ 4 และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้ดำเนินการตามคำพิพากษาเป็นที่เรียบร้อยแล้ว"
"ปตท. ขอยืนยันอีกครั้งว่า การแบ่งแยกทรัพย์สินเป็นไปตามคำพิพากษาและหลักเกณฑ์ที่คณะรัฐมนตรีกำหนด มิได้มีการลัดขั้นตอนตามความเห็นของคณะกรรมการการตรวจเงินแผ่นดินแต่ประการใด คำพิพากษา คำวินิจฉัย และคำสั่งของศาลปกครองสูงสุดย่อมถือเป็นยุติ และไม่อาจมีบุคคลหรือหน่วยงานอื่นใดจะมีอำนาจกลับคำพิพากษาของศาลปกครองสูงสุดได้
อีกทั้ง ข้าราชการ และ/หรือ พนักงาน ได้ดำเนินการแบ่งแยกทรัพย์สินตามหลักเกณฑ์ที่คณะรัฐมนตรีกำหนดโดยสุจริต มิได้มีการแสวงหาประโยชน์หรือกระทำการประพฤติมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่รัฐแต่ประการใด" นายชวลิตฯ กล่าวย้ำในตอนท้าย