การจัดอันดับ THE Asia University Rankings 2016 ใช้ ๑๓ ตัวชี้วัดที่มีประสิทธิภาพและครอบคลุมมากที่สุด โดยมีการสำรวจความคิดเห็นในกลุ่มนักศึกษา นักวิชาการ ผู้นำในแวดวงการศึกษาระดับอุดมศึกษา ภาคอุตสาหกรรมและรัฐบาล ซึ่งจะให้ค่าน้ำหนักสำคัญกับผลการตอบรับที่ส่งผลกระทบกับสถาบันอุดมศึกษาในภูมิภาคเอเชียมากที่สุด ซึ่งตัวชี้วัดในการประเมินแบ่งเป็น ๕ ด้าน ดังนี้ ๑. การเรียนการสอน (สภาพแวดล้อมในการเรียนรู้ของผู้เรียน) ๒๕% ๒. คุณภาพงานวิจัย (จำนวน รายได้ และชื่อเสียงของงานวิจัย) ๓๐% ๓.การอ้างอิงผลงานวิจัยของสถาบัน ๓๐% ๔. ความเป็นนานาชาติ ๗.๕% และ ๕. รายได้ทางอุตสาหกรรม ความสามารถของมหาวิทยาลัยในการนำนวัตกรรมและความรู้ต่างๆ ที่คิดค้นไปสร้างรายได้ ๗.๕%
สำหรับการจัดอันดับในครั้งนี้ ยังมีมหาวิทยาลัยไทยอีก ๖ แห่งที่ได้รับการจัดอันดับในครั้งนี้ด้วย ได้แก่ มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระเจ้าเกล้าธนบุรี มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี มหาวิทยาลัยขอนแก่น และ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์