สำหรับรางวัล MOST Innovation Awards 2016 แบ่งออกเป็น 3 สาขา ประกอบด้วย รางวัลชนะเลิศ"สาขานักธุรกิจนวัตกรรม" ได้แก่ ผลงานกาแฟโบราณลุงเป๋อ 3 in 1 โดยอุทยานวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ รางวัลชนะเลิศ "สาขานวัตกรรมเชิงพาณิชย์-กระบวนการนวัตกรรม" ได้แก่ ผลงานการออกแบบสร้างเครื่องฆ่ามอดมะขามด้วยคลื่นความถี่วิทยุ โดยเทคโนธานี มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีสุรนารี และรางวัลชนะเลิศ "สาขานวัตกรรมเชิงพาณิชย์-ผลิตภัณฑ์นวัตกรรม" ได้แก่ ผลงานยางธรรมชาติเทอร์โมพลาสติกลอกลายแบบ 3 มิติ (สำหรับงานพิสูจน์หลักฐาน) โดยอุทยานวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์