วิธีสังเกตอาการผู้ป่วยกลุ่มนี้อาจจะมีอาการปวดประจำเดือนที่มากขึ้น เนื่องจากช่วงที่มีประจำเดือนจะมีเลือดออกในท้อง ทำให้มีการระคายเคืองในเยื่อบุช่องท้อง หรือบางรายมีปวดท้องน้อยเรื้อรังรวมไปถึงการมีบุตรยาก แต่ในผู้ป่วยบางรายก็อาจจะไม่มีอาการเลยก็ได้ โดยตรวจเจอช็อกโกแลตซีสจากการตรวจภายในหรืออัลตร้าซาวน์อุ้งเชิงกราน ซึ่งผู้หญิงทุกคนที่มีประจำเดือนก็จะมีความเสี่ยง แต่ความเสี่ยงจะมากขึ้นในรายที่มีอาการปวดประจำเดือน ประจำเดือนมามาก และในรายที่ไม่เคยมีบุตร
การรักษาผู้ป่วยในรายที่ก้อนช็อกโกแลตซีสมีขนาดเล็กอาจจะรักษาโดยใช้ฮอร์โมนซึ่งจะช่วยให้ก้อนไม่โตขึ้นหรือบางรายอาจยุบหายไป แต่ถ้าหากก้อนมีขนาดใหญ่ มีอาการปวด หรือก้อนแตกรั่วในช่องท้องก็จำเป็นต้องได้รับการผ่าตัด ซึ่งปัจจุบันนี้ก็ไม่ต้องกังวลแล้ว เพราะด้วยเทคโนโลยีทางการแพทย์ ทำให้เราสามารถทำการผ่าตัดได้ง่ายขึ้น โดยการผ่าตัดผ่านกล้อง 3 มิติ เพื่อเข้าไปตัดเฉพาะตัวซีสออก ซึ่งมีความคมชัดมากขึ้น มีความตื้นลึกของภาพ สามารถได้ภาพที่ละเอียดกว่า ส่งผลให้การผ่าตัดมีแม่นยำ ทำให้เนื้อรังไข่ส่วนที่ดีถูกตัดออกน้อยกว่า นอกจากนี้ปลายเลนส์สามารถโค้งงอได้เข้าไปถึงตำแหน่งที่ผ่าตัดยาก ๆ ได้ง่ายกว่า ทำให้ผ่าตัดได้เร็วขึ้น เกิดผลแทรกซ้อนน้อยกว่า แผลมีขนาดเล็กกว่า เจ็บน้อยกว่า ฟื้นตัวเร็ว เมื่อเทียบกับการผ่าตัดเปิดหน้าท้องแบบเดิม
หลังจากผ่าตัดแล้วผู้ป่วยนอนพักในโรงพยาบาลเพียงคืนเดียว ก็สามารถกลับบ้านได้ และทำงานเบา ๆ เพียง 1-2 สัปดาห์ก็สามารถใช้ชีวิตได้ตามปกติ แต่ต้องมีการตรวจติดตามสม่ำเสมอเพราะตัวช็อกโกแลตซีสมีโอกาสกลับเป็นซ้ำได้สูงหลังการผ่าตัด
สุดท้ายนี้ แพทย์อยากแนะนำให้คุณผู้หญิงหมั่นเข้ามาตรวจภายใน ร่วมกับการตรวจอัลตร้าซาวน์เป็นประจำทุกปี เพราะถ้ารู้ว่าเป็นช็อกโกแลตซีส การรักษาที่เร็ว ก็ให้ผลการรักษาที่ดีกว่า เพราะโรคดังกล่าวถือว่าพบได้บ่อยและมักกลายเป็นปัญหาเรื้อรังทั้งเรื่องปวดท้องรวมไปถึงการมีบุตรยากด้วย