ทั้งนี้ หลังจากที่กรมปศุสัตว์ได้มีหนังสือหารือไปยังสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาเกี่ยวกับประเด็นเรื่องอำนาจหน้าที่ขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นตามพระราชบัญญัติโรคพิษสุนัขบ้า พ.ศ. ๒๕๓๕ ในช่วงเดือนมกราคม ๒๕๕๘ สตง. ได้มีการประชุมเพื่อหาแนวทางในการแก้ไขปัญหาดังกล่าวร่วมกับกระทรวงมหาดไทย กรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น กรมปศุสัตว์ กรมควบคุมโรค รวมทั้งผู้แทนจากสมาคมองค์การบริหารส่วนจังหวัดแห่งประเทศไทย สมาคมองค์การบริหารส่วนตำบลแห่งประเทศไทย และสมาคมสันนิบาตเทศบาลแห่งประเทศไทย
จนกระทั่งต่อมากรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น ได้มีหนังสือ ด่วนที่สุด ที่ มท ๐๘๙๑.๓/ว ๑๒๐๓ ลงวันที่ ๑๕ มิถุนายน ๒๕๕๘ เรื่อง การดำเนินการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้าขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น แจ้งผู้ว่าราชการจังหวัด ทุกจังหวัดว่า จากการประชุมร่วมกันของผู้แทนจากหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง มีความเห็นสอดคล้องกันว่า องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในพื้นที่สามารถดำเนินการป้องกันและควบคุม โรคพิษสุนัขบ้าให้เป็นไปตามกฎหมายที่เกี่ยวข้องได้ และในช่วงเวลาเดียวกันนั้น ทางจังหวัดก็ได้มีหนังสือแจ้งไปยังนายอำเภอ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นต่างๆ โดยอ้างผลจากการประชุมร่วมกันของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง และขอให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นพิจารณาดำเนินการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้าต่อไป
" การกล่าวอ้างว่าการทักท้วงของ สตง. มีผลทำให้การดำเนินการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้าขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นต้องหยุดชะงักเป็นเวลา ๑-๒ ปี จนเป็นเหตุทำให้เกิดการแพร่ระบาดในช่วงปี ๒๕๖๐ จนถึงปัจจุบัน น่าจะคลาดเคลื่อนไปจากข้อเท็จจริง เนื่องจาก สตง. มีความพยายามที่จะแก้ไขปัญหาดังกล่าวมาโดยตลอด ในขณะเดียวกัน กรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่นก็ได้มีหนังสือเวียนแจ้งไปยังผู้ว่าราชการจังหวัด ทุกจังหวัด และผู้ว่าราชการจังหวัดก็ได้มีหนังสือแจ้งไปยังนายอำเภอ และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเพื่อสร้างความเข้าใจที่ถูกต้องตรงกันแล้ว " ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน กล่าว
อย่างไรก็ตาม แม้ว่าในช่วงเดือนมีนาคม ๒๕๕๙ คณะกรรมการกฤษฎีกาได้มีคำวินิจฉัย เรื่องเสร็จที่ ๔๔๒/๒๕๕๙ แล้วว่าองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นมีอำนาจหน้าที่ตามที่กฎหมายกำหนดในการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้า แต่เนื่องจากยังไม่มีการออกระเบียบเกี่ยวกับการดำเนินการป้องกันและระงับโรคติดต่อตามกฎหมายจัดตั้งองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น จึงได้มีการกำหนดให้นำแนวทางปฏิบัติตามหนังสือกรมส่งเสริมการปกครองท้องถิ่น ด่วนที่สุด ที่ มท ๐๘๙๑.๓/ว ๑๒๐๓ ลงวันที่ ๑๕ มิถุนายน ๒๕๕๘ ดังกล่าวข้างต้นมาใช้ไปพลางก่อน ซึ่งเป็นไปตามขั้นตอนที่ได้มีการหารือร่วมกันระหว่าง สตง. และองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ดังนี้
๑) ประเด็นการจัดหาวัคซีนโรคพิษสุนัขบ้า องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นมีอำนาจในการจัดหาวัคซีน โรคพิษสุนัขบ้า เพื่อการป้องกันและระงับโรคพิษสุนัขบ้า เนื่องจากโรคพิษสุนัขบ้าเป็นโรคติดต่อต้องแจ้งความตามประกาศกระทรวงสาธารณสุข ตามพระราชบัญญัติโรคติดต่อ พ.ศ. ๒๕๓๕ โดยดำเนินการภายใต้พระราชบัญญัติโรคพิษสุนัขบ้า พ.ศ. ๒๕๓๕ ตามมาตรา ๕ เจ้าของสัตว์ควบคุมต้องเสียค่าธรรมเนียม ยกเว้นกรณีมีการประกาศเขตป้องกันและการแพร่ของโรคฯ ของอธิบดีกรมปศุสัตว์ ตามมาตรา ๑๗ เจ้าของสัตว์ควบคุมไม่ต้องเสียค่าธรรมเนียม
๒) กรณีที่องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นที่ได้รับประกาศ หรือมีคำสั่งเป็นหนังสือจากเจ้าพนักงานสาธารณสุขอันเนื่องจากการป้องกันโรคพิษสุนัขบ้าที่จะเกิดกับคนหรือสัตว์ ซึ่งตามมาตรา ๘ แห่งพระราชบัญญัติโรคติดต่อพ.ศ. ๒๕๒๓ กำหนดให้คนหรือสัตว์ได้รับการป้องกัน และสามารถจัดหาและให้เครื่องอุปโภค รวมถึงการจัดหาเวชภัณฑ์หรือเคมีภัณฑ์เพื่อป้องกันการแพร่ระบาดของโรค องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นจึงสามารถจัดหาและให้วัคซีนเพื่อป้องกันและระงับพิษสุนัขบ้าทั้งกับสัตว์ที่มีเจ้าของและไม่มีเจ้าของ โดยไม่ต้องเสียค่าธรรมเนียม
๓) ประเด็นการจัดหาและให้วัคซีนกับสัตว์ควบคุมที่ไม่มีเจ้าของหรือเจ้าของไม่แสดงตนนั้น องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นสามารถดำเนินการได้ โดยทำให้สัตว์ควบคุมนั้น "ตกเป็นสัตว์ของราชการส่วนท้องถิ่น" ตามมาตรา ๓๐ แห่งพระราชบัญญัติการสาธารณสุข พ.ศ. ๒๕๓๕ นอกจากนี้ ตามมาตรา ๙ แห่งพระราชบัญญัติโรคพิษสุนัขบ้า พ.ศ. ๒๕๓๕ ยังให้อำนาจกับเจาพนักงานทองถิ่นในการทำลายสัตวควบคุมนั้นได้
๔) สำหรับสัตว์ควบคุมที่มีเจ้าของ เจ้าของควรต้องมีความรับผิดชอบต่อสัตว์และสังคม รวมถึงความรับผิดชอบต่อการให้ยาคุมกำเนิดของสัตว์ควบคุม หรือให้ความยินยอมต่อหน่วยงานของรัฐเป็นผู้ดำเนินการ โดยเฉพาะกรณีของประชาชนยากจนที่ไม่สามารถรับผิดชอบภาระนั้นได้ สำหรับสัตว์ควบคุมที่ไม่มีเจ้าของ หน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวข้องและองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นเป็นผู้ดำเนินการตามแนวทางวินิจฉัยของคณะกรรมการกฤษฎีกา เรื่องเสร็จที่ ๔๔๒/๒๕๕๙ นอกจากนี้ องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นยังสามารถทำหมันคุมกำเนิดสัตว์ควบคุมได้เพื่อเป็นการป้องกันและระงับโรคติดต่อ
๕) การดำเนินการทุกกรณีที่กล่าวมาข้างต้นต้องมีระบบควบคุมภายในที่ดี สามารถตรวจสอบได้ เช่น ต้องมีทะเบียนสัตว์ควบคุมในเขตพื้นที่รับผิดชอบ มีทะเบียนคุมสัตว์ควบคุมที่ไม่มีเจ้าของที่อยู่ในความรับผิดชอบขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น การเก็บรักษาวัคซีนอย่างถูกวิธีและเหมาะสม ผู้ฉีดวัคซีน เป็นต้น และต้องมีวินัยทางการเงินการคลังเพื่อการใช้จ่ายเงินแผ่นดินให้เกิดประสิทธิภาพและประสิทธิผล
๖) กระทรวงมหาดไทยได้ออกหนังสือ ด่วนที่สุด ที่ มท ๐๘๑๐.๕/ว ๐๑๒๐ ลงวันที่ ๑๒ มกราคม ๒๕๖๐ กำหนดแนวทางการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้าขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น ซึ่งก็สอดคล้องกับแนวทางที่ สตง. ได้ให้ข้อเสนอแนะไว้ และ สตง. ก็มีข้อเสนอแนะให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นถือปฏิบัติตามหนังสือฉบับดังกล่าว
ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน กล่าวในตอนท้ายว่า ปัจจุบันกระทรวงมหาดไทยได้ออกระเบียบว่าด้วยค่าใช้จ่ายเพื่อช่วยเหลือประชาชนตามอำนาจหน้าที่ขององค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น พ.ศ. ๒๕๖๐ และ สตง. ได้เสนอแนะให้องค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นดำเนินการตามแนวทางข้างต้น สำหรับประเด็นปัญหาที่เกิดขึ้นซึ่งระบุว่าองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นไม่กล้าที่จะดำเนินการป้องกันและควบคุมโรคพิษสุนัขบ้า เนื่องจากเกรงว่าจะถูกทักท้วงจาก สตง. นั้น ถือเป็นเรื่องสำคัญเร่งด่วนที่ สตง. จะต้องประชาสัมพันธ์เพื่อสร้างความเข้าใจที่ถูกต้อง โดยในเบื้องต้นจะได้มอบหมายให้สำนักตรวจเงินแผ่นดินจังหวัดทำความเข้าใจกับองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่นในพื้นที่รับผิดชอบต่อไป
กลุ่มประชาสัมพันธ์และประสานราชการ สำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน โทร. ๐ ๒๖๑๘ ๕๗๕๕