หลักสูตรวิศวกรรมอิเล็กทรอนิกส์อากาศยาน (อสบ.) 4 ปี สามารถเทียบโอนนักศึกษาที่จบ ปวส. เข้าเรียนต่อได้ เป็นหลักสูตรตามมาตรฐานของ EASA และICAO โดยเป็นหลักสูตร 2 ปริญญาบัตร ร่วมกับ Civil Aviation University of China ก่อนจบการศึกษาจะต้องสอบผ่านความรู้ตามมาตรฐาน EASA หลักสูตรวิศวกรรมระบบราง (อสบ.) หลักสูตรต่อเนื่อง 2 ปี รับนักศึกษา ปวส. เน้นหลักสูตรจะเน้นสมรรถนะ ที่สามารถซ่อมบำรุงระบบราง ควบคุมและตรวจสอบงานได้ เป็นการจัดการเรียนการสอนร่วมกับเครือข่ายทั้งในประเทศและต่างประเทศ เช่น Liuzhou Railway Vocational Technical College., Beijing Jiaotong University และAachen University of Applied Sciences
หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต (วทบ.) การผลิตพืช หลักสูตร 4 ปี และรับเทียบโอนจาก ปวส. เพิ่มเติมเนื้อหาด้าน Smart Farm การเรียนการสอนแบบสมัยใหม่ เน้นการใช้พื้นที่และกำลังคนน้อย หลักสูตร วทบ.สัตวศาสตร์ หลักสูตร 4 ปี และรับเทียบโอนจาก ปวส. เพิ่มเติมเนื้อหาด้าน Smart Farm ผู้ที่จบจะมีความรู้ด้านสัตวศาสตร์และการบริหารจัดการและควบคุมฟาร์มแบบ Smart Farm หลักสตรู วทบ.นวัตกรรมผลิตภัณฑ์สุขภาพ ตอบโจทย์การแปรรูปและเพิ่มมูลค่าสินค้าเกษตร โดยเฉพาะด้านสมุนไพรกลุ่มอาหารเสริมและเวชสำอางค์ เป็นหลักสูตร 4 ปี และหลักสูตรฐานสมรรถนะ อ้างอิงตามมาตรฐานของสถาบันคุณวุฒิวิชาชีพ (สคช.) หลักสูตร Mechatronics 4 ปีและรับเทียบโอนระดับ ปวส. เน้นพัฒนากำลังคนในระบบควบคุมอัตโนมัติ และหุ่นยนต์อุตสาหกรรมในกระบวนการผลิต
นอกจากนี้ยังมีการฝึกอบรมในหลักสูตรเชิงปฏิบัติการซ่อมบำรุงอากาศยานตามมาตรฐาน EASA (A1) รับนักศึกษาวุฒิ ปวส. สาขาไฟฟ้า อิเล็กทรอนิกส์ ช่างกลโรงงาน และช่างยนต์ ทำการฝึกอบรมเป็นระยะเวลา 9 เดือน แบ่งช่วงการอบรมเป็น 3 ระยะ มทร.ธัญบุรี 3 เดือน ฝึกอบรบต่างประเทศ จีน หรือเยอรมัน 3 เดือนและฝึกงานในสายการบิน 3 เดือน หลังการฝึกอบรม จะทำการทดสอบความรู้ตามมาตรฐาน EASA (A1) เมื่อทำงานในสายการบินครบ 1 ถึง 3 ปี จะสามารถยื่นขอใบอนุญาต EASA (A1) ได้
"ทั้งนี้ ทุกหลักสูตรที่มหาวิทยาลัยจะเปิดทำการเรียนการสอนขอให้เชื่อมั่นว่ามีประสิทธิภาพและได้มาตรฐาน เพราะไม่ได้เริ่มจากศูนย์แต่จะนำความโดดเด่นของแต่ละสาขาวิชามารวมกันและเพิ่มพูนความรู้สมัยใหม่เข้าไว้ด้วยกัน เพื่อตอบสนองความต้องการของตลาด โดยคาดว่าจะเปิดรับสมัครนักศึกษาแบบรับตรงในเดือนพฤษภาคม และเปิดการเรียนการสอนในเดือนมิถุนายน 2561" อธิการมทร.ธัญบุรี กล่าวในที่สุด