การชำระหนี้ กยศ. และ กรอ. ด้วยการสแกน QR Code สามารถชำระได้ 2 รูปแบบ คือ แบบ Static QR โดยการสแกน QR Code ผ่านบริการ KTB netbank และเลือกประเภทกองทุนที่ต้องการชำระหนี้คืน แบบ Dynamic QR เป็นการสแกน QR Code ผ่าน www.studentloan.ktb.co.th หรือ www.studentloan.or.th ด้วย Mobile Banking Application ของทุกธนาคาร ซึ่งการชำระด้วยการสแกน QR Code จะช่วยลดขั้นตอนการคีย์ข้อมูลของทางฝั่งผู้กู้ยืมหรือฝั่งผู้รับชำระ และยังเชื่อมกับระบบพร้อมเพย์ โดยตรวจสอบยอดที่ต้องชำระได้ที่ www.studentloan.or.th
ธนาคารกรุงไทย เป็นช่องทางหลักในการโอนเงินกู้ยืมและรับชำระหนี้ กยศ. และ กรอ. โดยให้บริการมาตั้งแต่แรกเริ่ม ผ่านหลากหลายช่องทาง ได้แก่ หักบัญชีออมทรัพย์ชำระหนี้อัตโนมัติ เคาน์เตอร์สาขา เครื่อง ATM กรุงไทยเทเลแบงก์ บริการ KTB netbank นอกจากนี้ ยังสามารถชำระผ่านการใช้ Barcode ผ่านบริษัทไปรษณีย์ไทย เคาน์เตอร์เซอร์วิส เคาน์เตอร์ธนาคารต่างๆ ทั้งนี้ วันที่ 5 กรกฎาคมของทุกปี ถือเป็นวันครบกำหนดชำระเงินคืนกองทุนเงินให้กู้ยืมเพื่อการศึกษา ซึ่งในปีนี้มีผู้กู้ยืมที่ครบกำหนดชำระประมาณ 3.5 ล้านราย