ทั้งนี้ พิพิธภัณฑ์ธรรมชาติจัดการน้ำชุมชน เป็นหนึ่งในโครงการตามแนวพระราชดำริของพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ที่ช่วยให้ประชาชนรอดพ้นจากปัญหาขาดแคลนน้ำกินน้ำใช้ โดยชุมชนบ้านหนองตาจอนเคยประสบปัญหาความแห้งแล้งมานานกว่า 29 ปี เนื่องจากป่าต้นน้ำเสื่อมโทรมจากการถูกบุกรุก ทำให้เกิดปัญหาน้ำแล้ง น้ำหลาก ขาดการอนุรักษ์และฟื้นฟูป่าต้นน้ำ ลำคลองสาธารณะมีสภาพตื้นเขินและขาดการเชื่อมต่อทำให้ไม่สามารถระบายน้ำและกักน้ำไว้ได้
ในปี 2550 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร พระราชทานแนวทางแก้ปัญหาเรื่องน้ำภายในชุมชนเองเป็นหลัก โดยการขุดลอกลำห้วยคต และสร้างฝายกักเก็บน้ำ ดำเนินการภายใต้โครงการก่อสร้างฝายทดน้ำบ้านห้วยคตและฝายทดน้ำบ้านหนองตาจอน อันเนื่องมาจากพระราชดำริ เพื่อบริหารจัดการน้ำต้นทุน ให้สมดุลกับการเพาะปลูก สำรองน้ำไว้ใช้ในช่วงฤดูแล้ง โดยการขุดลอกลำห้วยคต ระยะทางรวม 8.5 กิโลเมตร และสร้างฝายกักเก็บน้ำตามลำดับความชันรวม 13 ฝาย พร้อมด้วยราษฎรได้น้อมนำแนวพระราชดำริเกษตรทฤษฎีใหม่มาปรับใช้ หันมาทำสวนผสมแทนการปลูกพืชเชิงเดี่ยว รวมทั้งบริหารจัดการน้ำชุมชน ร่วมกันอนุรักษ์และฟื้นฟูป่าต้นน้ำ พร้อมน้ำเทคโนโลยีสารสนเทศมาใช้จัดทำแผนที่ ผังน้ำ วางแผนพัฒนาแหล่งน้ำเกิดการบริหารจัดการน้ำชุมชนในพื้นที่นอกเขตชลประทานอย่างเป็นระบบ พร้อมเป็นสถานที่เรียนรู้ต้นแบบในด้านจัดการน้ำชุมชน ตามแนวพระราชดำริ ขยายผลไปยังชุมชนอื่นต่อไป