โครงการบ้านนักวิทยาศาสตร์น้อย ประเทศไทย ได้ต้นแบบมาจาก Stiftung Haus der kleinen Forscher หรือ มูลนิธิบ้านนักวิทยาศาสตร์น้อย ประเทศเยอรมนี โดยได้รับความร่วมมือจาก 8 องค์กรหลักในประเทศไทย ได้แก่ มูลนิธิสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา บริษัท นานมีบุ๊คส์ จำกัด สถาบันส่งเสริมการสอนวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน สำนักงานพัฒนาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแห่งชาติ องค์การพิพิธภัณฑ์วิทยาศาสตร์แห่งชาติ กลุ่มบริษัท บี.กริม และมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ในการดำเนินโครงการ