ทั้งนี้ ตามที่ปรากฏข่าวทางสื่อมวลชนกรณีรายงานการเงินแผ่นดิน สิ้นสุดวันที่ 30 กันยายน 2558 และ 2557 ซึ่งตรวจสอบรับรองโดยสำนักงานการตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) แล้ว ไม่ปรากฏผลขาดทุนจากโครงการรับจำนำข้าว ณ วันที่ 30 กันยายน 2557 จำนวน 536,908.30 ล้านบาท ทั้งที่ตาม คำพิพากษาศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง คดีแดงที่ อม. 211/2560 เมื่อวันที่ 27 กันยายน 2560 หรือคดีโครงการรับจำนำข้าว ได้ระบุถึงผลขาดทุนจำนวน 536,908.30 ล้านบาท ไว้ด้วย จึงมีผู้ตั้งข้อสังเกตว่า หากผลขาดทุนดังกล่าวมีจริงก็ควรปรากฏอยู่ในรายงานการเงินแผ่นดิน ณ วันที่ 30 กันยายน 2557 ด้วยเช่นกัน นั้น
นายประจักษ์ บุญยัง ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน แถลงว่า เนื่องจากกรณีนี้ค่อนข้างจะเป็นเรื่องทางเทคนิค การที่ปรากฏข่าวในลักษณะดังกล่าวอาจทำให้บุคคลทั่วไปมีความเข้าใจคลาดเคลื่อนได้ ดังนั้น สตง. ในฐานะที่เป็นองค์กรตรวจสอบจึงขอชี้แจงเพื่อสร้างความเข้าใจที่ถูกต้องใน 2 ประเด็นหลัก ๆ ดังนี้
ประเด็นแรกเป็นเรื่องของหลักเกณฑ์ที่ใช้ในการจัดทำรายงานการเงินแผ่นดิน รายงานการเงินของแผ่นดินประจำปี ตั้งแต่ปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๘ จนถึงปัจจุบัน จัดทำตามหลักเกณฑ์คงค้างแบบผสม (Modified Accrual Basis) ที่กระทรวงการคลังกำหนดขึ้น ซึ่งได้เสนอคณะรัฐมนตรีเพื่อรับทราบการปรับเปลี่ยนการจัดทำรายงานการเงินแผ่นดินประจำปีดังกล่าว เมื่อวันที่ ๒๕ สิงหาคม ๒๕๕๒ โดยปรากฏรายละเอียดดังนี้
"จากแผนภาพข้างต้นจะเห็นได้ว่ารายงานการเงินแผ่นดินเป็นข้อมูลทางการเงินที่แสดงเฉพาะภาพรวมของรายการที่ส่วนราชการหรือหน่วยงานของรัฐนำส่งและขอเบิกเงินจากคลังตามระบบงบประมาณ ปรับปรุงด้วยข้อมูลที่มีสาระสำคัญเฉพาะสินทรัพย์และหนี้สินของรัฐบาลจากส่วนราชการที่ทำหน้าที่บริหารจัดการแทนรัฐบาล ได้แก่ ข้อมูลที่ดินราชพัสดุจากกรมธนารักษ์ ข้อมูลเงินลงทุนจากสำนักงานคณะกรรมการนโยบายรัฐวิสาหกิจ และข้อมูลหนี้สาธารณะจากสำนักงานบริหารหนี้สาธารณะ โดยมิได้บันทึกบัญชีและแยกแสดงรายการและเปิดเผยข้อมูลในรายงานการเงินแผ่นดินเป็นรายโครงการ"
ประเด็นที่สองเป็นเรื่องข้อมูลโครงการรับจำนำข้าวเปลือกในรายงานการเงินแผ่นดิน คณะรัฐมนตรีได้มีมติในการประชุมเมื่อวันที่ 29 มีนาคม 2555 อนุมัติตามที่กระทรวงการคลังเสนอให้กระทรวงพาณิชย์แต่งตั้งคณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวเปลือก เพื่อดำเนินการปิดบัญชีโครงการดังกล่าว หลังจากครบกำหนดไถ่ถอนและ/หรือสิ้นสุดระยะเวลาโครงการ และให้มีการปิดบัญชีเป็นปี ๆ ไป โดยให้แล้วเสร็จภายใน 90 วัน นับตั้งแต่วันสิ้นสุดรอบปีบัญชี
ต่อมา ในวันที่ 10 มิถุนายน 2556 ที่ประชุมคณะรัฐมนตรีได้มีมติอนุมัติให้การดำเนินโครงการรับจำนำข้าวเปลือกได้ใช้เงินทุนหมุนเวียนจาก ๒ แหล่ง ได้แก่ เงินทุนของธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธกส.) และเงินกู้จากสถาบันการเงินที่กระทรวงการคลังจัดหาและค้ำประกัน โดยให้มีการนำเงินที่ได้จากการระบายผลผลิตทางการเกษตรชำระคืนเงินทุน ธกส. ให้เสร็จสิ้นก่อน แล้วจึงชำระคืนเงินกู้จากสถาบันการเงิน กรณีมีความจำเป็นให้ ธกส. สำรองจ่ายไปก่อนระหว่างรอเงินจากการระบายผลผลิตหรือเงินจากแหล่งอื่น ๆ โดยให้กระทรวงพาณิชย์ตกลงกับ ธกส. เป็นคราว ๆ ไป โดย ธกส. จะได้รับอัตราชดเชยต้นทุนเงินและค่าบริหารโครงการ ทั้งนี้ ให้กระทรวงการคลังรับภาระชำระคืนต้นเงิน ดอกเบี้ย จากการกู้ยืมเงิน ค่าใช้จ่ายต่าง ๆ และผลขาดทุนที่เกิดขึ้นทั้งหมดของการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวเปลือก ทั้งในส่วนที่กระทรวงการคลังจัดหาให้และส่วนที่ใช้เงินทุนของ ธกส. และให้ ธกส. แยกการดำเนินงานโครงการออกจากการดำเนินงานปกติเป็นบัญชีธุรกรรมนโยบายรัฐ และบันทึกเป็นภาระผูกพันนอกงบประมาณ เพื่อทราบผลกระทบจากการดำเนินโครงการและขอชดเชยความสูญเสียที่อาจเกิดขึ้น
"โครงการรับจำนำข้าวเปลือก เป็นโครงการที่ใช้เงินทุนของ ธกส. และเงินกู้จากสถาบันการเงินที่กระทรวงการคลังจัดหาและค้ำประกัน โดยกระทรวงการคลังรับภาระในการนำเงินงบประมาณชดใช้คืนต้นเงิน ดอกเบี้ย จากการกู้ยืมเงิน ค่าใช้จ่ายต่าง ๆ และผลขาดทุนที่เกิดขึ้นทั้งหมดของการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวเปลือก เป็นรายปี โดย ธกส. จัดทำเป็นบัญชีธุรกรรมนโยบายรัฐ และบันทึกเป็นภาระผูกพันนอกงบประมาณ สำหรับข้อมูลโครงการรับจำนำข้าวเปลือกถือเป็นอำนาจหน้าที่ของคณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการรับจำนำข้าวเปลือก ในการดำเนินการปิดบัญชีโครงการดังกล่าว หลังจากครบกำหนดไถ่ถอนและ/หรือสิ้นสุดระยะเวลาโครงการ และให้มีการปิดบัญชีเป็นปี ๆ ไป"
ผู้ว่าการตรวจเงินแผ่นดิน กล่าวสรุปในตอนท้ายว่า สำหรับในกรณีของโครงการรับจำนำข้าวเปลือกนั้น รายงานการเงินแผ่นดินได้บันทึกรับรู้รายการเฉพาะการจ่ายเงินงบประมาณชดใช้คืนเงินทุนและเงินกู้ให้ ธกส. และชดใช้ค่าบริหารจัดการอื่น ๆ ให้กับหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง โดยแสดงรายการเป็นส่วนหนึ่งของรายจ่ายจากงบประมาณในปีที่ ธกส. และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องได้รับการจัดสรรงบประมาณและเบิกจ่ายเงินจากคลังแล้ว สำหรับเงินกู้จากสถาบันการเงินที่กระทรวงการคลังจัดหาและค้ำประกัน กระทรวงการคลังได้เปิดเผยข้อมูลในหมายเหตุประกอบรายงานการเงินแผ่นดิน หัวข้อ หนี้สาธารณะ โดยถือเป็นส่วนหนึ่งของหนี้ของรัฐวิสาหกิจที่เป็นสถาบันการเงิน (รัฐบาลค้ำประกัน)