สำหรับโควตาจำนวน 600 ตันที่เพิ่มขึ้นในปี 2561/62 จะจัดสรรให้ผู้ประกอบการที่เข้าร่วมโครงการฯ และต้องใช้โควตาเพื่อการส่งออกข้าวอินทรีย์ ซึ่งรับซื้อข้าวจากเกษตรกรในโครงการเชื่อมโยงตลาดข้าวอินทรีย์ และข้าว GAP ครบวงจร เท่านั้น อีกทั้งต้องผ่านมาตรฐานที่ได้รับการยอมรับจากสหภาพยุโรปด้วย ทั้งนี้ ในช่วงแรกที่โครงการมีข้าวอินทรีย์ไม่เพียงพอ จะอนุญาตให้ใช้ข้าวอินทรีย์นอกโครงการได้ และระยะต่อไปซึ่งจะมีโควตาส่วนนี้เพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ มากกว่า 600 ตัน ต้องเป็นข้าวอินทรีย์ที่ได้มาตรฐาน Organic Thailand และของสหภาพยุโรปควบคู่กัน
ทั้งนี้ ในการจัดสรรโควตาจะพิจารณาโดยใช้เกณฑ์พื้นที่และผลผลิตข้าวที่ผู้ประกอบการค้าข้าวนำมาเชื่อมโยงการตลาดกับเกษตรกรในโครงการฯ โดยคำนึงถึงศักยภาพในการส่งออกข้าวไปตลาดสหภาพยุโรปด้วย