โดยที่ผ่านมา กทม. ได้สนับสนุนงบประมาณเพื่อใช้บริการจัดการส่วนต่อขยายปีละ 400-500 ล้านบาท อีกทั้งเส้นทางส่วนต่อขยายได้เปิดให้บริการเพิ่มขึ้น 9 สถานี จึงจำเป็นต้องปรับปรุงโครงสร้างค่าโดยสารชั่วคราว ในระหว่างที่โครงการดังกล่าวอยู่ระหว่างการจัดหาเอกชนเข้าร่วมลงทุนในรูปแบบ PPP คาดว่าจะแล้วเสร็จในปี 2563 และจะมีการปรับโครงสร้างค่าโดยสารใหม่อีกครั้ง
ปัจจุบันเส้นทางที่บีทีเอสเป็นผู้รับผิดชอบอยู่นั้น จัดเก็บค่าโดยสาร 16-44 บาท ส่วนต่อขยายสายสีเขียว กทม.จัดเก็บที่ 15 บาทตลอดสาย เพิ่มขึ้น 6 บาท ไม่เกิน 65 บาท