จากการนำเสนอรายงานดังกล่าวของสื่อมวลชน ตนในฐานะผู้กำกับดูแล สช.ไม่ได้นิ่งนอนใจ ได้ประสานงานกับศูนย์ประสานงานละบริหารการศึกษาจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศปบ.จชต.) จัดประชุม สช.จังหวัด และ สช.อำเภอ ในพื้นที่ ในวันที่ 3-4 เมษายน 2562 ณ ศปบ.จชต. ในการหารือเพื่อตรวจสอบข้อเท็จจริงที่เกิดขึ้นอย่างเร่งด่วน เพื่อให้เกิดความโปร่งใส ตรวจสอบได้ต่อหน่วยงานและบุคลากรที่ถูกกล่าวอ้างถึงในการรายงานข่าว โดยจะมีการตั้งคณะกรรมการเพื่อตรวจสอบสืบหาข้อเท็จจริงให้ปรากฏโดยเร็วที่สุด และขอย้ำอีกครั้งว่าการดำเนินการบริหารงานภายในกระทรวงศึกษาธิการ เป็นไปภายใต้หลักธรรมาภิบาล โปร่งใส ตรวจสอบได้ หากเกิดการทุจริตจริง ก็จะมีการพิจารณาโทษ ดังนั้นจึงขอให้สื่อมวลชนที่นำเสนอข่าวได้ให้เวลากับการดำเนินการในกรณีนี้ด้วยใจที่เป็นธรรม ในการประชุมร่างแผนการตรวจสอบในประเด็นต่างๆ คาดว่าจะสามารถสรุปผลการตรวจสอบข้อเท็จจริงได้ภายใน 15 วัน ซึ่งมีประเด็นสำคัญคือการจ่ายเงินเดือนครู ตามกฎหมายกำหนด การทำสัญญาจ้าง และการใช้จ่ายเงินอุดหนุนของสถานศึกษาแต่ละแห่ง โดยมีการหาข้อเท็จจริงครอบคลุมทุกโรงเรียน
นอกจากนี้ นายชลำ อรรถธรรม เลขาธิการคณะกรรมการส่งเสริมการศึกษาเอกชน ได้แสดงความห่วงใยในประเด็นที่ผู้เสนอข่าวไม่เข้าใจลักษณะของการจัดการศึกษาเอกชนในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ เนื่องจากปอเนาะเป็นโรงเรียนเอกชน ประเภทนอกระบบที่เรียกว่า สถาบันศึกษาปอเนาะ ซึ่งไม่ได้รับเงินอุดหนุนเรียนฟรี ๑๕ ปี ไม่ได้รับเงินอุดหนุนรายหัว ไม่ได้รับเงินอุดหนุนเบี้ยเสี่ยงภัยของครู สิ่งที่กระทรวงศึกษาธิการให้การสนับสนุนคือ ค่าตอบแทนครูผู้สอน แห่งละไม่เกิน ๔ คน คนละ ๒,๐๐๐ บาทต่อเดือน และเงินอุดหนุนเป็นค่าบริหารจัดการสถานศึกษาแห่งละ ๑,๐๐๐ บาท ต่อเดือน ครูผู้สอนไม่ได้รับเงินเดือน ๑๕,๐๐๐ บาท ตามที่เสนอข่าว จึงทำให้สังคมสับสน
อย่างไรก็ตาม สช. ได้มีการตรวจสอบโรงเรียนในระบบประเภทสามัญศึกษาที่เปิดสอนตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน ควบคู่หลักสูตรอิสลามศึกษา ว่ามีกรณีตามที่เป็นข่าวหรือไม่ ซึ่งเลขา สช. ได้แต่งตั้งคณะกรรมการตรวจสอบข้อเท็จจริงและประชุมวางแผนการตรวจสอบข้อเท็จจริงครอบคลุมทุกโรงเรียนให้แล้วเสร็จภายใน ๑๕ วัน หากพบการดำเนินการที่ไม่ถูกต้องจะดำเนินการตาม พรบ.โรงเรียนเอกชน พ.ศ. ๒๕๕๐ ทันที
นายชลำ อรรถธรรม ได้ชี้แจงเพิ่มเติมว่า สช. ได้ดำเนินการตรวจสอบ สร้างความเข้าใจในการบริหารจัดการโรงเรียนเอกชนที่สอดคล้องกับกฎหมาย ด้วยการสร้างวัฒนธรรมความโปร่งใสตลอดปีการศึกษา ๒๕๖๑ โดยโรงเรียนได้ให้ความร่วมมือเป็นอย่างดี ด้วยการตรวจสอบนักเรียนซ้ำซ้อน หรือเด็กผี โดยใช้เลขประจำตัวประชาชนของนักเรียนทุกคน ตรวจสอบในฐานข้อมูลทะเบียนราษฎร์ของกระทรวงมหาดไทย และตรวจสอบความซ้ำซ้อนระหว่างโรงเรียนด้วยกัน เพื่อป้องกันมิให้เบิกเงินอุดหนุนรายบุคคลซ้ำซ้อนในสถานศึกษาด้วยกัน พร้อมทั้งมีการตรวจสอบนักเรียน และอนุมัติเงินอุดหนุนเป็นรายเดือน แม้กระทั่งนักเรียนที่ขาดเรียนเกิน ๑๕ วัน ในเดือนนั้นก็จะไม่เบิกจ่ายเงินอุดหนุนให้
นอกจากนี้ยังได้มีการตรวจสอบข้อมูลย้อนหลัง และเรียกเงินคืนพร้อมดอกเบี้ยร้อยละ ๗.๕ ต่อปีส่งคืนเป็นเงินรายได้แผ่นดิน ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๕๗ – ๒๕๖๐ จำนวน ๑๑๕,๗๓๔,๗๗๔.๓๔ บาท เรียบร้อยแล้ว และในปีงบประมาณ ๒๕๖๑ ก็ได้ดำเนินการเรียบร้อยแล้วเช่นกัน ซึ่งได้รับความร่วมมือ
ซึ่งหากได้ข้อสรุป หรือมีความคืบหน้าในการดำเนินการตรวจสอบแสวงหาข้อเท็จจริงในกรณีนี้อย่างไร จะแจ้งเรียนมาให้ทราบโดยทั่วกัน เพราะตนเน้นย้ำเสมอมาว่า ในการดำเนินการขับเคลื่อนการพัฒนางานด้านการศึกษาในพื้นที่ต้องเป็นไปอย่างมีเอกภาพ มีความเท่าเทียม ทั่วถึง ในการบริหารจัดการและการพัฒนาคุณภาพการศึกษาตามยุทธศาสตร์พระราชทานของในหลวงรัชกาลที่ 9 "เข้าใจ เข้าถึง พัฒนา" ตลอดจนได้ร่วมการตรวจสอบ ติดตาม ให้ข้อเสนอแนะกับโรงเรียนที่มีความเข้าใจคลาดเคลื่อน ให้ดำเนินการให้ถูกต้อง เพื่อประโยชน์สูงสุดอันเกิดกับประชาชนในพื้นที่ เช่นเดียวกับการที่ต้องกำกับดูแลฝ่ายของเจ้าหน้าที่ภาครัฐให้ดำรงตนอยู่ในกฎ ระเบียบ วินัยแห่งการเป็นข้าราชการที่ดีของแผ่นดิน ด้วยการให้โอกาสชี้แจง แสดงข้อเท็จจริงอย่างเท่าเทียม ครบถ้วน อันเป็นสิทธิเสรีภาพในฐานะผู้ถูกกล่าวอ้างซึ่งอาจจะส่งผลกระทบต่อตัวผู้ถูกพาดพิง รวมทั้งหน่วยงานต้นสังกัดด้วย ดังนั้นจึงขอให้ท่านสื่อมวลชนได้พิจารณาถึงประเด็นนี้ด้วยใจอันเป็นธรรม และให้โอกาสผู้มีส่วนเกี่ยวข้องได้ตรวจสอบข้อเท็จจริงต่อไป