ดร. อดิศร์ อิศรางกูร ณ อยุธยา หัวหน้าโครงการ จาก TDRI นำเสนอผลกระทบของการเก็บภาษีที่ดินในปัจจุบัน ในเรื่องของความสับสนว่ารัฐต้องการให้ถือครองที่ดินในระยะสั้นหรือระยะยาว การเก็บภาษีไม่ได้อยู่บนฐานของรายได้จากการถือครองที่ดินอย่างแท้จริง การคำนวณภาษีเงินได้และภาษีธุรกิจเฉพาะสร้างความไม่เป็นธรรมในการทำธุรกรรมที่ดิน และการปรับเปลี่ยนรูปแบบโครงสร้างภาษีจากเดิมเป็นการเก็บภาษีกำไรส่วนเกิน หรือ Capital Gain Tax เพื่อสร้างความเป็นธรรมและสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับการใช้ประโยชน์ที่ดิน
จากกรณีการถือครองที่ดินกับการคำนวณภาษีเงินได้บุคคลธรรมดาหัก ณ ที่จ่าย พบว่ากรมที่ดินกำหนดค่าใช้จ่ายเป็นอัตราเหมาตามจำนวนปีที่ถือครอง โดยพิจารณาบนพื้นฐานที่ว่าการถือครองที่ดินจะเกิดรายได้ขึ้นเสมอ แต่มิได้อยู่บนฐานของกำไรที่แท้จริงหรือรายได้สุทธิหรือมูลค่าเพิ่ม ทำให้เกิดเหตุการณ์เจ้าของที่ดินที่ขายที่ดินไปแล้วขาดทุนแต่ยังต้องเสียภาษีที่ดินให้กับรัฐ ขณะเดียวกันเจ้าของที่ดินบางรายที่ซื้อขายที่ดินแล้วมีกำไรแต่ก็มิได้เสียภาษีให้รัฐมากเท่าที่ควร อีกทั้งภาษีธุรกิจเฉพาะไม่ส่งเสริมการใช้ที่ดินให้เกิดประโยชน์สูงสุดและส่งสัญญาณที่ขัดแย้งกับภาษีเงินได้ นั่นคือหากผู้ใดรีบขายที่ดินออกไปภายใน 5 ปี จะต้องเสียภาษีธุรกิจเฉพาะเพิ่ม ดังนั้น ระยะเวลาในการถือครองและสถานภาพของผู้ขายที่เป็นบุคคลธรรมดาและนิติบุคคลย่อมมีผลกระทบต่อภาระค่าใช้จ่ายในการขายอสังหาริมทรัพย์
โครงสร้างภาษีที่ดินที่ใช้ในปัจจุบันยังสะท้อนให้เห็นถึงปัญหาการแจ้งราคาซื้อขายที่คลาดเคลื่อนจากความเป็นจริง ซึ่งการนำรายรับจากการขายที่ดินมาคิดเป็นรายได้ ทำให้การคำนวณภาษีเงินได้และภาษีธุรกิจเฉพาะมีความบิดเบือน และสร้างความไม่เป็นธรรมในการทำธุรกรรมที่ดิน ฉะนั้นแล้วสิ่งที่ควรดำเนินการในการคำนวณภาระภาษี คือ การคำนวณรายได้ที่แท้จริงจากการซื้อขายที่ดิน โดยผลจากการวิเคราะห์ตัวอย่างที่ดินจำนวน 439 แปลง ในเขตจตุจักร กรุงเทพมหานคร พบว่ามีผู้ถือครองที่ดินจำนวนมากที่จ่ายภาษีที่ดินในมูลค่าที่สูงกว่าที่ควรจะจ่ายเป็นอย่างมาก และมีผู้ถือครองที่ดินบางกลุ่มจ่ายภาษีที่ดินในมูลค่าที่ต่ำกว่าที่ควรจะจ่าย การศึกษานี้จึงเสนอให้ควรปรับเปลี่ยนจากการใช้ภาษีที่ดินมาเป็นการใช้ภาษีกำไรส่วนเกิน เพื่อสร้างความเป็นธรรมให้กับเจ้าของที่ดินสร้างมูลค่าเพิ่มให้กับการใช้ประโยชน์ที่ดิน เนื่องจากการเก็บภาษีเงินได้และภาษีธุรกิจเฉพาะทำให้เจ้าของที่ดินจำนวนมากต้องมีภาระภาษีโดยไม่จำเป็น
รูปแบบการเก็บภาษีกำไรส่วนเกินใช้กันอย่างแพร่หลายในต่างประเทศ ตัวอย่างกรณีศึกษาในประเทศอังกฤษ มีการจัดเก็บภาษีกำไรส่วนเกินจากโครงการรถไฟฟ้าขนาดใหญ่ของลอนดอน และจะเก็บภาษีจากเจ้าของที่ดินทุกแปลง (ยกเว้นที่อยู่อาศัย) ในเขตเกรเทอร์ลอนดอน ซึ่งจะเก็บต่อเนื่องทุกปีจนกว่าจะสามารถคืนทุนให้กับโครงการได้ เช่นเดียวกับประเทศญี่ปุ่นที่มีโครงการปรับปรุงพื้นที่รอบสถานีรถไฟฟูตาโกะทามะกาวะ ของเมืองโตเกียว ได้ใช้กฏหมาย Floor Area Ratio (FER) เพื่อสร้างรายได้จากอาคารและห้างสรรพสินค้าบริเวณรอบสถานี เพื่อคืนทุนให้กับค่าจัดรูปที่ดินและค่าก่อสร้างให้กับบริษัทพัฒนารถไฟฟ้า ซึ่งกำไรสุดท้ายสามารถนำไปพัฒนารถไฟฟ้าโครงการต่อไป และช่วยให้ราคาค่าโดยสารรถไฟถูกลง
การศึกษานี้จึงเสนอให้ควรปรับเปลี่ยนจากการใช้ภาษีที่ดินมาเป็นการใช้ภาษีกำไรส่วนเกิน โดยมีกระทรวงการคลังเป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบในการจัดทำแผนดำเนินการ ซึ่งภาษีกำไรส่วนเกินจะทำให้การซื้อขายที่ดินมีความเป็นธรรมมากขึ้นและทำให้การใช้ประโยชน์ที่ดินมีประสิทธิภาพมากขึ้น ไม่แน่ในอนาคตเราอาจได้ใช้รถไฟฟ้าในราคาที่ถูกลงก็เป็นได้