สำหรับการดำเนินโครงการ จะมีการจัดหาแหล่งน้ำชุมชนแบบระบบปิดที่เหมาะสม จัดตั้งเป็นแหล่งเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ มีคณะกรรมการประจำแหล่งน้ำ จัดระบบการจัดการบริหารผลผลิตแบบธนาคาร และมีการพัฒนาความรู้ให้กับชุมชนและเกษตรกรให้มีความรู้ ความเข้าใจ สามารถบริหารจัดการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ รวมไปถึงการจัดการแหล่งน้ำชุมชนให้เหมาะสมเพื่อเพิ่มผลผลิตสัตว์น้ำจืด เช่น การปล่อยพันธุ์ปลา การเสริมสร้างอาหารธรรมชาติเพิ่ม การเพาะพันธุ์ปลา โดยมีการสนับสนุนปัจจัยการผลิต เช่น พันธุ์สัตว์น้ำจืด อาหารสัตว์น้ำ การบริหารจัดการแบบหุ้นส่วนในระบบธนาคาร มีการยืม คืน และปันผลประโยชน์ร่วมกัน
สศก. ได้ทำการประเมินผลโครงการ พบว่า มีการดำเนินงานธนาคารผลผลิตเกษตรด้านการประมง ระหว่างปี 2560 - 2561 พื้นที่ 40 จังหวัด รวม 40 แห่ง ตามเป้าหมาย เกษตรกรเข้าร่วมโครงการรวม 3,053 ราย คิดเป็น 2.5 เท่าของเป้าหมาย เกษตรกรสามารถจับสัตว์น้ำเพื่อจำหน่ายและบริโภค ได้หลากหลายชนิดมากขึ้น อาทิ ปลานิล ปลาตะเพียน ปลาสวาย และปลาจีน โดยสามารถจับสัตว์น้ำได้เฉลี่ย 290 กก./ครัวเรือน/ปี คิดเป็นมูลค่า 17,008 บาท/ครัวเรือน/ปี เพิ่มขึ้น 54 กก. คิดเป็น มูลค่าที่เพิ่มขึ้น 2,898 บาท เมื่อเทียบกับก่อนเข้าร่วมโครงการ
นอกจากนี้ ปริมาณสัตว์น้ำในชุมชนเพิ่มมากขึ้น ส่งผลให้เกษตรกรมีสัตว์น้ำเพื่อการบริโภคได้มากและหลากหลายชนิด โดยพบว่า เกษตรกรมีปริมาณการบริโภคสัตว์น้ำเฉลี่ย 143 กก./ครัวเรือน/ปี คิดเป็นมูลค่า 10,497 บาท/ครัวเรือน/ปี เพิ่มขึ้นเฉลี่ย 14 กก. หรือ 689 บาท ช่วยเกษตรกรลดรายจ่ายจากการซื้อสัตว์น้ำมาบริโภคได้ โดยมีรายจ่ายเฉลี่ย 6,295 บาท/ครัวเรือน/ปี ลดลง 463 บาท เมื่อเทียบกับก่อนเข้าร่วมโครงการ
ด้านนางอัญชนา ตราโช รองเลขาธิการ สศก. กล่าวเพิ่มเติมว่า ผลสำเร็จจากการดำเนินโครงการในช่วงระยะ 2 ปี ที่ผ่านมา แสดงให้เห็นชัดว่า สามารถช่วยครัวเรือนเกษตรกรลดรายจ่าย และเสริมสร้างรายได้ให้กับเกษตรกรได้อย่างแท้จริง ทั้งนี้ จากการสอบถามความคิดเห็นเพิ่มเติมของเกษตรกรที่ร่วมโครงการฯ พบว่า เกษตรกรร้อยละ 93 ยังคงต้องการใช้บริการของธนาคารต่อไป เนื่องจาก เห็นประโยชน์อย่างชัดเจนว่า ช่วยลดรายจ่ายและเสริมสร้างรายได้ให้กับชุมชน อีกทั้ง ได้รับการอบรมความรู้ ในหลักสูตรที่เกี่ยวกับการบริหารจัดการธนาคารผลผลิตเกษตรด้านการประมง โดยเกษตรกรสามารถนำความรู้ไปใช้บริหารจัดการผลผลิตสัตว์น้ำให้มีคุณภาพและเพียงพอต่อความต้องการของชุมชนอีกด้วย อย่างไรก็ตาม คณะกรรมการธนาคารฯ ควรกระตุ้นการมีส่วนร่วมของคนในชุมชนเพื่อช่วยกันดูแลรักษา ผลผลิตของชุมชน และป้องกันการลักลอบจับสัตว์น้ำ นอกจากนี้ กรมประมง ควรผลักดัน ให้ธนาคารฯ สามารถดำเนินการได้ด้วยตัวเอง เพื่อสร้างความมั่นคงทางด้านอาหารโปรตีนประเภทสัตว์น้ำให้แก่สมาชิก ซึ่งหลังจากนี้ โครงการฯ จะยังขยายการจัดตั้งธนาคารให้ครบ 77 จังหวัดทั่วประเทศ และจะผลักดันให้เกษตรกรใช้พื้นที่แหล่งน้ำและทรัพยากรน้ำให้เกิดประโยชน์สูงสุด สามารถเป็นต้นแบบในการบริหารจัดการโดยชุมชนอย่างยั่งยืนต่อไป