คณะกรรมการ ป.ป.ช. พิจารณาแล้วเห็นว่า กรณีมีเหตุอันควรสงสัยว่า นายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์มีพฤติการณ์ร่ำรวยผิดปกติ จึงมีคำสั่งแต่งตั้งคณะกรรมการไต่สวน โดยมีนางสาวสุภา ปิยะจิตติ กรรมการ ป.ป.ช. เป็นประธาน นายวิทยา อาคมพิทักษ์ กรรมการ ป.ป.ช. รวมทั้งผู้ทรงคุณวุฒิและหัวหน้าพนักงานไต่สวน เป็นกรรมการไต่สวน คณะกรรมการไต่สวนได้ดำเนินการรวบรวมพยานหลักฐานแล้ว ผลการไต่สวนข้อเท็จจริงปรากฏว่า ขณะที่นายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการสำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติ ระหว่างวันที่ 1 ตุลาคม 2553 - 30 กันยายน 2557 พบเงินฝากและทรัพย์สินต่างๆ ของนายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ และนางพัทธานันท์ เบญจวัฒนานันท์ (คู่สมรส) รวมทั้งบุคคลใกล้ชิด ได้แก่ นางธาริณี ดิตถ์วัชรไพศาล (อดีตคู่สมรส) บุตรหลาน และบุคคลอื่น โดยคณะกรรมการไต่สวนได้แจ้งข้อกล่าวหาให้บุคคลทั้ง 8 คน ชี้แจงที่มาของทรัพย์สินแล้วแต่บุคคลดังกล่าวไม่สามารถพิสูจน์ที่มาของทรัพย์สินได้ ดังนี้
1. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์ จำนวน 98,659,925.59 บาท ได้แก่ เงินฝากจำนวน 13 บัญชี เป็นเงิน 71,974,350.59 บาท, เงินลงทุน จำนวน 4 รายการ เป็นเงิน 12,580,000 บาท และกรมธรรม์ประกันชีวิต จำนวน 12 กรมธรรม์ มูลค่า 14,105,575 บาท
2. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนางพัทธานันท์ เบญจวัฒนานันท์ (คู่สมรส) จำนวน 196,039,741.59 บาท ได้แก่ เงินฝาก จำนวน 22 บัญชี เป็นเงิน 122,921,190.40 บาท, เงินลงทุน จำนวน 3 รายการ เป็นเงิน 6,815,695.39 บาท, ที่ดินในจังหวัดจันทบุรี จำนวน 1 แปลง มูลค่า 760,000 บาท, ยานพาหนะ จำนวน 1 คัน มูลค่า 3,809,000 บาท และกรมธรรม์ประกันชีวิต จำนวน 10 กรมธรรม์ รวมมูลค่า 61,733,855.80 บาท
3. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนางธาริณี ดิตถ์วัชรไพศาล (อดีตคู่สมรส) จำนวน 131,437,217.45 บาท ได้แก่ เงินฝาก จำนวน 56 บัญชี เป็นเงิน 105,151,313.88 บาท, เงินลงทุน จำนวน 25 รายการ เป็นเงิน 25,235,903.57 บาท และยานพาหนะ จำนวน 1 คัน มูลค่า 1,050,000 บาท
4. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนายธนรัตน์ ดิตถ์วัชรไพศาล (บุตร) จำนวน 26,726,284.56 บาท ได้แก่ เงินฝาก จำนวน 10 บัญชี เป็นเงิน 20,843,037.56 บาท, ที่ดินและสิ่งปลูกสร้างในจังหวัดสมุทรปราการ 1 รายการ มูลค่า 1,800,000 บาท, ยานพาหนะ จำนวน 1 คัน มูลค่า 1,014,000 บาท และกรมธรรม์ประกันชีวิต 4 กรมธรรม์ รวมมูลค่า 3,069,247 บาท
5. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนางสาวพิมพ์ภัสสร ดิตถ์วัชรไพศาล (บุตร) จำนวน 68,307,397.14 บาท ได้แก่ เงินฝาก จำนวน 31 บัญชี เป็นเงิน 50,597,774.14 บาท, เงินลงทุน จำนวน 19 รายการ เป็นเงิน 9,750,000 บาท, ที่ดินและสิ่งปลูกสร้าง รวม 3 รายการ (ในกรุงเทพมหานคร 2 รายการ และจังหวัดสมุทรปราการ 1 รายการ) รวมมูลค่า 5,856,489 บาท และกรมธรรม์ประกันชีวิต 3 กรมธรรม์ รวมมูลค่า 2,103,134 บาท
6. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนางสาววรัทยา พรหมมาศ (หลานของนายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์) จำนวน 500,000 บาท ได้แก่ ห้องชุด จำนวน 1 ห้อง ในจังหวัดชลบุรี มูลค่า 500,000 บาท
7. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนายปิยชาติ ศรีจันทร์ (บุคคลสนิทของนายนพรัตน์ เบญจวัฒนานันท์) จำนวน 4,500,000 บาท ได้แก่ ที่ดินและสิ่งปลูกสร้าง 1 รายการ ในกรุงเทพมหานคร มูลค่า 4,500,000 บาท
8. ทรัพย์สินที่อยู่ในชื่อของนางสาวณัฎฐาภรณ์ ทุน (บุตรของนางพัทธานันท์ เบญจวัฒนานันท์) จำนวน 49,000,000 บาท ได้แก่ ที่ดินและสิ่งปลูกสร้าง 1 รายการ ในกรุงเทพมหานคร มูลค่า 49,000,000 บาท
รวมมูลค่าทรัพย์สินที่ร่ำรวยผิดปกติทั้งสิ้นจำนวน 575,170,566.33 บาท ซึ่งคณะกรรมการ ป.ป.ช. มีคำสั่งอายัดทรัพย์สินไว้เป็นการชั่วคราวแล้วจำนวน 176,032,978.79 บาท
คณะกรรมการ ป.ป.ช. ได้พิจารณาแล้วมีมติส่งเรื่องให้อัยการสูงสุดยื่นคำร้องต่อศาลอาญาคดีทุจริตและประพฤติมิชอบซึ่งมีเขตอำนาจพิจารณาพิพากษาคดี ให้มีคำพิพากษาหรือคำสั่งเพื่อขอให้ทรัพย์สินดังกล่าว ตกเป็นของแผ่นดิน ตามมาตรา 122 แห่งพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ. 2561