สศก. ได้ติดตามผลการดำเนินการระยะเวลา 3 ปี (ปี 2560 - 2562) พบว่า มีเกษตรกรเข้าร่วมโครงการ 107,354 ราย พื้นที่ 962,570 ไร่ เกษตรกรได้รับการถ่ายทอดความรู้ในเรื่องต่างๆ อาทิ การเข้าสู่มาตรฐานเกษตรอินทรีย์ การผลิตพืชตามมาตรฐาน เกษตรอินทรีย์ การผลิตตามกระบวนการรับรองแบบมีส่วนร่วม การผลิตปุ๋ยอินทรีย์ชีวภาพ และการใช้สารชีวภัณฑ์ เป็นต้น โดยในปี 2563 มีเกษตรกรที่สมัครเข้าร่วมโครงการ ปี 2560 ได้ผ่านการประเมินในระยะปรับเปลี่ยนและจะเข้าสู่กระบวนการรับรองมาตรฐานการผลิตข้าวอินทรีย์ Organic Thailand จำนวน 808 กลุ่ม 16,804 ราย คิดเป็นพื้นที่ 172,570 ไร่
จากการลงพื้นที่สอบถามเกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการฯ ในภาคเหนือและภาคตะวันออกเฉียงเหนือ รวม 7 จังหวัด ได้แก่ เชียงใหม่ เชียงราย ลำปาง ศรีสะเกษ สุรินทร์ ร้อยเอ็ด และขอนแก่น เมื่อช่วงเดือนมีนาคม 63 พบว่า เกษตรกรร้อยละ 68 สามารถนำความรู้เรื่องการผลิตข้าวอินทรีย์มาปฏิบัติได้ทั้งหมด และ ร้อยละ 32 ได้นำความรู้บางเรื่องมาปรับใช้ ได้แก่ การทำปุ๋ยหมัก การปรับปรุงดินด้วยปุ๋ยพืชสด การใช้สารชีวภัณฑ์ในการจัดการศัตรูพืช การจัดการแหล่งน้ำ และการทำแนวกันชน ซึ่งส่งผลดีต่อคุณภาพดิน ผลผลิต สิ่งแวดล้อม ตลอดจนสุขภาพของเกษตรกรเอง ทั้งนี้ เกษตรกรที่เข้าร่วมโครงการยังประสบปัญหาในการผลิต เช่น ขาดเงินทุน อายุมาก ขาดแคลนแรงงาน และแหล่งน้ำ ไม่เอื้ออำนวย เป็นต้น
ทางด้านผลผลิต พบว่า ผลผลิตข้าวอินทรีย์ของเกษตรกรที่ปรับเปลี่ยนเป็นรูปแบบอินทรีย์ในปีแรกจะลดลงเหลือ 304 กิโลกรัมต่อไร่ เนื่องจากหยุดใช้สารเคมี แต่ในปี 2562 ซึ่งเป็นปีที่ 3 ที่เข้าสู่อินทรีย์อย่างเต็มตัว จะได้รับผลผลิตเพิ่มขึ้นเป็น 376 กิโลกรัมต่อไร่ เนื่องจากพื้นดินได้รับการฟื้นฟู และปรับสภาพจากเคมีเป็นอินทรีย์ มีการปรับปรุงดินอย่างต่อเนื่อง ควบคู่กับการจัดการศัตรูพืชแบบชีวภาพ ทำให้ผลผลิตเพิ่มขึ้นจากเดิม
สำหรับราคาจำหน่ายที่เกษตรกรได้รับโดยเฉลี่ย พบว่า ไม่ค่อยผันผวนและมีราคาสูงกว่าข้าวที่ผลิตแบบทั่วไปประมาณ 1,500 – 2,000 บาทต่อตัน ซึ่งขึ้นอยู่กับคุณภาพของข้าว และกำหนดชนิดข้าวในการรับซื้อของโรงสี ขณะที่การแปรรูปเพื่อเพิ่มมูลค่า ขณะนี้ มีกลุ่มเกษตรกรบางพื้นที่เริ่มสนใจที่จะแปรรูปผลผลิตข้าวเปลือกเป็นข้าวสารเอง เพื่อสร้างมูลค่าเพิ่มให้มากกว่าการนำข้าวเปลือกไปจำหน่ายให้แก่โรงสี หรืออาจแปรรูปเป็นผลิตภัณฑ์เพื่อจำหน่ายในนามกลุ่ม อาทิ วิสาหกิจชุมชนกลุ่มแปรรูปผลผลิตทางการเกษตรบ้านโสกจาน อำเภอบ้านไผ่ จังหวัดขอนแก่น มีผลิตภัณฑ์จากข้าวอินทรีย์ เช่น ข้าวหอมมะลิ ข้าวไรซ์เบอร์รี่ ข้าวตัง รวมทั้งวิสาหกิจชุมชนกลุ่มหมูดำเหมยซานเกษตรพอเพียง อำเภอเทิง จังหวัดเชียงราย มีผลิตภัณฑ์จากข้าวอินทรีย์ เช่น ข้าวกล้องอินทรีย์ ข้าวกล้องเพาะงอก และน้ำข้าวกล้องอินทรีย์ รวมทั้งยังมีผลิตภัณฑ์ปลานิลอินทรีย์ และหมูดำอินทรีย์ เป็นต้น
ทั้งนี้ ภาพรวมเกษตรกรมีความพึงพอใจต่อการดำเนินงานโครงการในระดับมาก ดังนั้น การพัฒนาเกษตรอินทรีย์ในระยะต่อไป นอกจากการส่งเสริมพัฒนาศักยภาพการผลิต ควรส่งเสริมและสนับสนุนกลุ่มเกษตรกรให้สามารถหาตลาดรองรับผลผลิตเองได้ โดยเฉพาะกลุ่มเกษตรกรที่มีศักยภาพด้านการแปรรูปผลผลิตและพัฒนาผลิตภัณฑ์ ต้องมีแผนการประชาสัมพันธ์ มีช่องทางการทำการตลาดให้กลุ่มผู้บริโภคที่สนใจสินค้าเกษตรอินทรีย์สามารถเข้าถึงได้ ซึ่งถือว่าเป็นงานที่ต้องมีการประสานงานและบูรณาการร่วมกับหน่วยงานอื่นๆ ในการขยายตลาดสินค้าเกษตรอินทรีย์ที่มีอยู่ให้กว้างขวางยิ่งขึ้น เพื่อช่วยเพิ่มรายได้ให้แก่เกษตรกรอย่างยั่งยืน