ถึงแม้ว่าในปีพุทธศักราช 2563 นี้ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จะไม่ได้จัดงานพระราชพิธีพืชมงคลจรดพระนังคัลแรกนาขวัญ ณ มณฑลพิธีท้องสนามหลวง เนื่องจากประเทศไทยและนานาประเทศทั่วโลกต้องเผชิญกับสถานการณ์การแพร่ระบาดของโรคติดเชื้อไวรัสโคโรนา 2019 (Covid-19) ซึ่งมีมาตรการและข้อปฏิบัติทางสาธารณสุขหลายประการเพื่อป้องกันการแพร่กระจายของโรค ดังนั้น กระทรวงเกษตรและสหกรณ์จึงขอพระราชทานพระบรมราชวินิจฉัยงดการประกอบพระราชพิธีพืชมงคลจรดพระนังคัลแรกนาขวัญในปีนี้จากเดิมที่สำนักพระราชวังได้กำหนดให้ประกอบพระราชพิธีในวันอาทิตย์ที่ 10 และวันจันทร์ที่ 11 พฤษภาคม 2563 โดยขอพระราชทานพระบรมราชานุญาตประกอบพิธีปลุกเสกเมล็ดพันธุ์ข้าวพระราชทานและพืชพันธุ์ต่าง ๆ ในวันอาทิตย์ที่ 10 พฤษภาคม 2563 โดยนำพันธุ์ข้าวทรงปลูกพระราชทานในฤดูทำนาปี 2562 และพันธุ์พืชต่าง ๆ มาเข้าประกอบพิธี พร้อมทั้งพิธีหว่านข้าวในแปลงนาทดลอง สวนจิตรลดา ในวันจันทร์ที่ 11 พฤษภาคม 2563 เพื่อความเป็นสิริมงคลและสร้างขวัญกำลังใจแก่เกษตรกรทุกสาขาทั่วประเทศ
ในการนี้ พระบาทสมเด็จพระปรเมนทรรามาธิบดีศรีสินทรมหาวชิราลงกรณ มหิศรภูมิพลราชวรางกูร กิติสิริสมบูรณอดุลยเดช สยามินทราธิเบศรราชวโรดม บรมนาถบพิตร พระวชิรเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดอาราธนาให้สมเด็จพระอริยวงศาคตญาณ (อัมพร อมฺพโร) สมเด็จพระสังฆราช สกลมหาสังฆปริณายก เสด็จไปทรงเป็นประธานในการประกอบพิธีปลุกเสกเมล็ดพันธุ์ข้าวพระราชทานและพืชพันธุ์ต่าง ๆ พร้อมทั้งพระมหาราชครูพิธีศรีวิสุทธิคุณ เป็นประธานฝ่ายพราหมณ์ ณ พระอุโบสถ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม ในพระบรมมหาราชวัง ในวันอาทิตย์ที่ 10 พฤษภาคม 2563 โดยพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้อัญเชิญพระคันธารราษฎร์ใหญ่ (ประทับนั่ง) และพระคันธารราษฎร์จีน (ประทับนั่ง) ที่ประดิษฐาน ณ หอพระคันธารราษฎร์ วัดพระศรีรัตนศาสดาราม ไปประดิษฐานเป็นพระพุทธรูปประธานในพิธีปลุกเสกเมล็ดพันธุ์ข้าวพระราชทานและพืชพันธุ์ต่าง ๆ พร้อมทั้งทรงกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ พลเอก สุรยุทธ์ จุลานนท์ ประธานองคมนตรี ปฏิบัติหน้าที่ประธานฝ่ายฆราวาสในพิธีปลุกเสกเมล็ดพันธุ์ข้าวพระราชทานและพืชพันธุ์ต่าง ๆ ณ พระอุโบสถวัดพระศรีรัตนศาสดาราม ในพระบรมมหาราชวัง ในวันอาทิตย์ที่ 10 พฤษภาคม 2563 เวลา 17.00 น. และปฏิบัติหน้าที่ประธานในพิธีหว่านข้าวในแปลงนาทดลอง สวนจิตรลดา ในวันจันทร์ที่ 11 พฤษภาคม 2563 เวลา 10.00 น. โดยมีปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ เป็นผู้หว่านข้าว เพื่อเป็นเมล็ดพันธุ์สำหรับการประกอบพระราชพิธีพืชมงคลจรดพระนังคัลแรกนาขวัญในปีพุทธศักราช 2564