เกษตรกรควรหมั่นตรวจและกำจัดวัชพืชในแปลงและรอบแปลงปลูกอย่างสม่ำเสมอ หากพบต้นที่เริ่มแสดงอาการของโรคยอดเน่ารากเน่า ให้พ่นด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชเมทาแลกซิล 25% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 20-40 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 50-100 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสโฟนิก แอซิด 40% เอสแอล อัตรา 50-60 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร ทุก 1 เดือน จำนวน 2 ครั้ง หรือให้ขุดต้นที่เป็นโรคนำไปเผาทำลายนอกแปลงปลูกทันที เพื่อลดแหล่งสะสมเชื้อสาเหตุโรค จากนั้นให้โรยปูนขาวบริเวณหลุมที่ขุด เพื่อป้องกันการระบาดของโรค และควรทำความสะอาดอุปกรณ์การเกษตรที่ใช้กับต้นที่เป็นโรคก่อนนำกลับมาใช้ใหม่ทุกครั้ง
หลังการเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว ให้นำส่วนต่างๆ ของพืชที่เป็นโรคไปเผาทำลายทันที หากเกษตรกรจะปลูกสับปะรดในฤดูถัดไป ควรเลือกพื้นที่ปลูกที่ไม่เคยมีการระบาดของโรคนี้มาก่อน และควรทำแปลงปลูกให้มีการระบายน้ำที่ดี ไม่ควรมีน้ำท่วมขัง กรณีเกิดน้ำท่วมขังควรรีบระบายน้ำออกจากแปลงโดยเร็ว และให้เลือกใช้ส่วนขยายพันธุ์ที่มีคุณภาพดีจากแหล่งปลอดโรค ก่อนปลูก เกษตรกรควรแช่จุกหน่อพันธุ์ด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชเมทาแลกซิล 25% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 20-40 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม 80% ดับเบิ้ลยูพี อัตรา 50-100 กรัมต่อน้ำ 20 ลิตร หรือสารฟอสโฟนิก แอซิด 40% เอสแอล อัตรา 50-60 มิลลิลิตรต่อน้ำ 20 ลิตร นาน 15-20 นาที